Franklin
FTDNA: 13335, BigY2: 13335Tree Position
Unique Mutations
The mutations unique to this man are summarized in the table below. Those with a '+' or '*' confidence level are considered by FamilyTreeDNA or FullGenomesCorp to be high quality SNPs/INDELs. For completeness, all other mutations of lesser confidence are included as well. These additional mutations may be useful for distinguishing between very closely related men.
Occasionally, some of the mutations listed here will be thought to be shared with other men in which case they might appear in upstream blocks on the tree. When this happens, the 'Blocks' field will indicate what block they appear in. Such a situation might arise with BigY men if the BED data suggests another man may be positive for a SNP, even though it doesn't appear in his VCF data. It might also happen if Chromo2 testing or Sanger sequencing of other men not on the tree show the SNP to be shared.
POS-REF-ALT (hg19) | POS-REF-ALT (hg38) | Blocks | Names | Region | McDonald BED | combBED | STR | FTDNA 13335 | BigY2 13335 | Manual Edits |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2818466-G-A | 2950425-G-A | BY56623 | Y | Y | + | + | ||||
28800214-A-G | 26654067-A-G | ** | ||||||||
8343894-G-T | 8475853-G-T | ** | ** | |||||||
17121475-C-A | 15009595-C-A | ** | ** | |||||||
21407145-C-A | 19245259-C-A | ** | ** | |||||||
13233041-G-A | 11077365-G-A | ** | ||||||||
13297926-C-A | 11142250-C-A | ** | ||||||||
21821707-C-A | 19659821-C-A | F24735 | ** | |||||||
28800224-A-G | 26654077-A-G | ** | ||||||||
18581820-A-G | 16469940-A-G | ** | ||||||||
18403407-A-G | 16291527-A-G | P6_Gap | ** | |||||||
9344513-A-G | 9506904-A-G | ** | ||||||||
7425300-C-A | 7557259-C-A | ** | ||||||||
10753892-G-T | ** | |||||||||
10821974-T-C | ** | |||||||||
15357918-G-C | 13246037-G-C | ** | ||||||||
22825730-C-A | 20663844-C-A | ** | ||||||||
5246710-C-A | 5378669-C-A | ** | ||||||||
13448203-T-TACATC | 11292527-T-TACATC | ** | ||||||||
16041771-C-A | 13929891-C-A | ** | ||||||||
17327252-C-A | 15215372-C-A | ** | ||||||||
28484259-C-A | 26338112-C-A | ** | ||||||||
7142492-C-A | 7274451-C-A | ** | ||||||||
15533628-C-A | 13421748-C-A | ** | ||||||||
9075846-C-A | 9238237-C-A | ** | ||||||||
13470413-C-T | 11314737-C-T | ** | ||||||||
19226544-C-A | 17114664-C-A | ** | ||||||||
15151499-TC-T | 13039586-TC-T | ** | ||||||||
14696924-C-T | 12584990-C-T | ** | ||||||||
14696925-A-G | 12584991-A-G | ** | ||||||||
27872576-T-C | 25726429-T-C | P1_Y2 | ** | |||||||
10821868-A-T | ** | |||||||||
3602874-C-A | 3734833-C-A | ** | ||||||||
4129174-C-A | 4261133-C-A | ** | ||||||||
16555194-C-A | 14443314-C-A | ** | ||||||||
10828166-C-T | ** | |||||||||
10828157-C-AGGAAG | ** | |||||||||
2888869-TCAA-T | 3020828-TCAA-T | ** | ||||||||
15411274-C-A | 13299394-C-A | ** | ||||||||
14696947-G-A | 12585013-G-A | ** | ||||||||
27759125-C-G | 25612978-C-G | P1_Y2 | ** | |||||||
16144797-T-TC | 14032917-T-TC | P8_Dst | ** | |||||||
10037618-C-A | 10200009-C-A | ** | ||||||||
17178681-C-A | 15066801-C-A | ** | ||||||||
18853503-C-A | 16741623-C-A | ** | ||||||||
15011596-C-A | 12899684-C-A | ** | ||||||||
11033117-G-T | ** | |||||||||
24876775-G-T | 22730628-G-T | g1 | ** | |||||||
16277685-C-A | 14165805-C-A | ** | ||||||||
17310851-C-A | 15198971-C-A | ** | ||||||||
17927943-C-A | 15816063-C-A | ** | ||||||||
18853480-A-G | 16741600-A-G | ** | ||||||||
22875420-C-A | 20713534-C-A | ** | ||||||||
2908932-C-A | 3040891-C-A | ** | ||||||||
10825233-T-A | ** | |||||||||
13971545-GAGA-G | 11850839-GAGA-G | ** | ||||||||
17334016-G-A | 15222136-G-A | ** | ||||||||
18756409-C-A | 16644529-C-A | ** | ||||||||
14621571-T-C | 12509769-T-C | ** | ||||||||
13460989-C-A | 11305313-C-A | ** | ||||||||
9735520-C-A | 9897911-C-A | IR3_Prx | ** | |||||||
8079609-C-A | 8211568-C-A | ** | ||||||||
5911864-C-A | 6043823-C-A | ** | ||||||||
4888185-C-A | 5020144-C-A | ** | ||||||||
21446423-A-G | 19284537-A-G | ** | ||||||||
24382076-T-C | 22235929-T-C | ** | ||||||||
24382083-T-C | 22235936-T-C | ** | ||||||||
15606806-G-A | 13494926-G-A | ** | ||||||||
10845672-A-T | ** | |||||||||
14067757-C-A | 11947051-C-A | ** | ||||||||
6784290-C-A | 6916249-C-A | ** | ||||||||
10825313-T-G | ** | |||||||||
28081883-AACAC-A | 25935736-AACAC-A | P1_Y2 | 8×AC | ** | ||||||
10776017-T-A | ** | |||||||||
17037331-A-T | 14925451-A-T | ** | ||||||||
2928734-C-A | 3060693-C-A | ** | ||||||||
9849945-C-A | 10012336-C-A | ** | ||||||||
10889367-C-A | ** | |||||||||
27759126-T-A | 25612979-T-A | P1_Y2 | ** | |||||||
13489479-G-A | 11333803-G-A | ** | ||||||||
17037319-T-C | 14925439-T-C | ** | ||||||||
17037327-A-G | 14925447-A-G | ** | ||||||||
4925392-C-A | 5057351-C-A | ** | ||||||||
14610609-TTCC-T | 12498811-TTCC-T | ** | ||||||||
21263621-C-A | 19101735-C-A | ** | ||||||||
13489697-GT-G | 11334021-GT-G | ** | ||||||||
28601094-C-A | 26454947-C-A | ** | ||||||||
10658358-C-T | ** | |||||||||
10658373-C-T | ** | |||||||||
14689081-C-A | 12577147-C-A | ** | ||||||||
23955169-C-A | 21809022-C-A | ** | ||||||||
21932595-C-A | 19770709-C-A | ** | ||||||||
7084536-C-A | 7216495-C-A | ** | ||||||||
15581114-C-A | 13469234-C-A | ** | ||||||||
21384931-C-A | 19223045-C-A | ** | ||||||||
17598068-C-A | 15486188-C-A | ** | ||||||||
9773514-C-A | 9935905-C-A | ** | ||||||||
23411960-C-A | 21250074-C-A | ** | ||||||||
23411951-C-A | 21250065-C-A | ** | ||||||||
2696517-C-A | 2828476-C-A | ** | ||||||||
3391587-C-A | 3523546-C-A | ** | ||||||||
28623231-C-A | 26477084-C-A | ** | ||||||||
6934633-C-A | 7066592-C-A | ** | ||||||||
19476444-C-A | 17364564-C-A | ** | ||||||||
10828119-G-T | ** | |||||||||
17206503-C-A | 15094623-C-A | ** | ||||||||
17366803-G-T | 15254923-G-T | ** | ||||||||
14227795-C-A | 12107089-C-A | ** | ||||||||
8712014-C-T | 8843973-C-T | ** | ||||||||
10660700-G-T | ** | |||||||||
14576419-C-A | 12464619-C-A | FTA18475 | ** | |||||||
7221334-C-A | 7353293-C-A | ** | ||||||||
28804641-C-A | 26658494-C-A | ** | ||||||||
7159204-C-A | 7291163-C-A | ** | ||||||||
23598030-C-A | 21436144-C-A | ** | ||||||||
8793502-C-A | 8925461-C-A | ** | ||||||||
14696912-A-G | 12584978-A-G | ** | ||||||||
14786605-C-A | 12674675-C-A | ** | ||||||||
15355038-C-A | 13243157-C-A | ** | ||||||||
17317361-C-A | 15205481-C-A | ** | ||||||||
9437368-C-A | 9599759-C-A | ** | ||||||||
19829299-C-CTTTT | 17717419-C-CTTTT | P5_Prx | 27×T | ** | ||||||
20685339-C-A | 18523453-C-A | P4_Prx | ** | |||||||
10789919-T-C | ** | |||||||||
23875088-C-A | 21713202-C-A | ** | ||||||||
28658262-C-A | 26512115-C-A | ** | ||||||||
18769387-C-T | 16657507-C-T | ** | ||||||||
6155556-T-TC | 6287515-T-TC | IR3_Dst | ** | |||||||
9954781-G-T | 10117172-G-T | ** | ||||||||
7217309-C-A | 7349268-C-A | ** | ||||||||
7159205-C-A | 7291164-C-A | ** | ||||||||
23654491-C-A | 21492605-C-A | ** | ||||||||
26238035-A-AG | 24091888-A-AG | P1_Y1 | ** | |||||||
13212616-C-A | 11056940-C-A | ** | ||||||||
4504784-C-A | 4636743-C-A | ** | ||||||||
11643810-A-C | ** | |||||||||
7524647-C-A | 7656606-C-A | ** | ||||||||
7188208-C-A | 7320167-C-A | ** | ||||||||
10653152-C-T | ** | |||||||||
13478296-C-T | 11322620-C-T | ** | ||||||||
22263924-A-T | 20102038-A-T | DYZ19 | ** | |||||||
2664998-G-A | 2796957-G-A | ** | ||||||||
2728198-C-A | 2860157-C-A | ** | ||||||||
2778676-G-A | 2910635-G-A | ** | ||||||||
2778685-T-A | 2910644-T-A | ** | ||||||||
2791553-A-T | 2923512-A-T | ** | ||||||||
2820126-AT-A | 2952085-AT-A | ** | ||||||||
2883447-G-A | 3015406-G-A | ** | ||||||||
2915124-T-C | 3047083-T-C | ** | ||||||||
3046426-C-A | 3178385-C-A | ** | ||||||||
3158956-C-A | 3290915-C-A | ** | ||||||||
3241719-T-G | 3373678-T-G | FT6940 | ** | |||||||
3252953-T-C | 3384912-T-C | ** | ||||||||
3285102-T-C | 3417061-T-C | ** | ||||||||
3453678-A-G | 3585637-A-G | ** | ||||||||
3601255-T-C | 3733214-T-C | ** | ||||||||
3712028-C-A | 3843987-C-A | ** | ||||||||
3790822-GT-G | 3922781-GT-G | ** | ||||||||
4016485-T-A | 4148444-T-A | ** | ||||||||
4097455-C-A | 4229414-C-A | ** | ||||||||
4097577-G-T | 4229536-G-T | ** | ||||||||
4433998-T-A | 4565957-T-A | ** | ||||||||
4442547-T-A | 4574506-T-A | ** | ||||||||
4567788-A-G | 4699747-A-G | ** | ||||||||
4757733-AT-A | 4889692-AT-A | ** | ||||||||
4762802-G-T | 4894761-G-T | ** | ||||||||
4788813-T-C | 4920772-T-C | ** | ||||||||
4902031-T-C | 5033990-T-C | ** | ||||||||
4918710-A-C | 5050669-A-C | ** | ||||||||
5215639-C-G | 5347598-C-G | ** | ||||||||
5215651-A-G | 5347610-A-G | ** | ||||||||
5227185-G-T | 5359144-G-T | ** | ||||||||
5249590-T-C | 5381549-T-C | ** | ||||||||
5601111-T-A | 5733070-T-A | ** | ||||||||
5782440-T-C | 5914399-T-C | ** | ||||||||
5845397-T-G | 5977356-T-G | ** | ||||||||
5876577-T-C | 6008536-T-C | ** | ||||||||
6037407-A-G | 6169366-A-G | ** | ||||||||
6171625-C-A | 6303584-C-A | IR3_Dst | ** | |||||||
6179704-G-T | 6311663-G-T | IR3_Dst | ** | |||||||
6226126-A-G | 6358085-A-G | IR3_Dst | ** | |||||||
6293201-G-T | 6425160-G-T | IR3_Dst | ** | |||||||
6339125-A-C | 6471084-A-C | IR3_Dst | ** | |||||||
6339127-T-C | 6471086-T-C | IR3_Dst | 10×CA | ** | ||||||
6339128-C-CCCA | 6471087-C-CCCA | IR3_Dst | ** | |||||||
6356302-G-A | 6488261-G-A | ** | ||||||||
6386137-T-G | 6518096-T-G | ** | ||||||||
6460000-T-A | 6591959-T-A | ** | ||||||||
6516233-T-C | 6648192-T-C | ** | ||||||||
6541424-C-A | 6673383-C-A | ** | ||||||||
6967835-C-A | 7099794-C-A | ** | ||||||||
7052893-C-A | 7184852-C-A | ** | ||||||||
7083137-A-G | 7215096-A-G | ** | ||||||||
7092364-T-C | 7224323-T-C | ** | ||||||||
7104085-T-A | 7236044-T-A | ** | ||||||||
7123771-C-A | 7255730-C-A | ** | ||||||||
7138837-A-G | 7270796-A-G | ** | ||||||||
7146099-C-T | 7278058-C-T | ** | ||||||||
7146113-A-C | 7278072-A-C | ** | ||||||||
7159192-C-G | 7291151-C-G | ** | ||||||||
7159193-A-G | 7291152-A-G | ** | ||||||||
7159211-C-G | 7291170-C-G | ** | ||||||||
7159219-T-TG | 7291178-T-TG | ** | ||||||||
7159221-CCA-C | 7291180-CCA-C | ** | ||||||||
7165432-C-A | 7297391-C-A | ** | ||||||||
7210139-G-T | 7342098-G-T | ** | ||||||||
7224185-AT-A | 7356144-AT-A | ** | ||||||||
7225736-C-A | 7357695-C-A | ** | ||||||||
7237795-T-C | 7369754-T-C | ** | ||||||||
7243717-G-A | 7375676-G-A | ** | ||||||||
7290463-C-A | 7422422-C-A | ** | ||||||||
7313183-C-T | 7445142-C-T | ** | ||||||||
7317054-C-A | 7449013-C-A | ** | ||||||||
7368889-A-G | 7500848-A-G | ** | ||||||||
7412092-C-A | 7544051-C-A | ** | ||||||||
7430009-C-A | 7561968-C-A | ** | ||||||||
7451259-G-T | 7583218-G-T | IR1_L | ** | |||||||
7646462-C-T | 7778421-C-T | ** | ||||||||
7706240-C-A | 7838199-C-A | ** | ||||||||
7706251-G-A | 7838210-G-A | ** | ||||||||
7828373-C-A | 7960332-C-A | ** | ||||||||
7829690-C-G | 7961649-C-G | ** | ||||||||
7861082-G-A | 7993041-G-A | ** | ||||||||
7919605-G-T | 8051564-G-T | ** | ||||||||
8058574-A-C | 8190533-A-C | ** | ||||||||
8058580-A-C | 8190539-A-C | ** | ||||||||
8130355-T-C | 8262314-T-C | ** | ||||||||
8130584-T-C | 8262543-T-C | ** | ||||||||
8262769-G-C | 8394728-G-C | ** | ||||||||
8279975-C-A | 8411934-C-A | ** | ||||||||
8342892-C-A | 8474851-C-A | ** | ||||||||
8349290-A-G | 8481249-A-G | ** | ||||||||
8369738-G-A | 8501697-G-A | ** | ||||||||
8566881-C-A | 8698840-C-A | ** | ||||||||
8705952-C-A | 8837911-C-A | ** | ||||||||
8712019-G-A | 8843978-G-A | ** | ||||||||
8712024-C-T | 8843983-C-T | ** | ||||||||
8840494-A-G | 8972453-A-G | ** | ||||||||
8859790-A-G | 8991749-A-G | ** | ||||||||
9021721-T-A | 9184112-T-A | ** | ||||||||
9025060-A-C | 9187451-A-C | ** | ||||||||
9025074-A-C | 9187465-A-C | ** | ||||||||
9048095-C-A | 9210486-C-A | ** | ||||||||
9094652-C-G | 9257043-C-G | ** | ||||||||
9101457-G-A | 9263848-G-A | ** | ||||||||
9132853-C-A | 9295244-C-A | ** | ||||||||
9178534-G-A | 9340925-G-A | ** | ||||||||
9382960-C-A | 9545351-C-A | ** | ||||||||
9459418-G-A | 9621809-G-A | ** | ||||||||
9462305-A-G | 9624696-A-G | ** | ||||||||
9956540-A-G | 10118931-A-G | ** | ||||||||
9964961-G-T | 10127352-G-T | ** | ||||||||
10627518-C-A | ** | |||||||||
10652404-C-A | ** | |||||||||
10658378-C-G | ** | |||||||||
10759707-G-A | FT429985 | ** | ||||||||
10776512-C-CA | ** | |||||||||
10776514-T-TTGAC | ** | |||||||||
10776568-A-G | ** | |||||||||
10901764-T-C | ** | |||||||||
10901769-T-G | ** | |||||||||
13215899-A-T | 11060223-A-T | ** | ||||||||
13229050-C-A | 11073374-C-A | ** | ||||||||
13324610-A-T | 11168934-A-T | ** | ||||||||
13461118-C-G | 11305442-C-G | ** | ||||||||
13478357-T-C | 11322681-T-C | ** | ||||||||
13484330-C-A | 11328654-C-A | ** | ||||||||
13489354-G-T | 11333678-G-T | ** | ||||||||
13522623-A-C | 11366947-A-C | ** | ||||||||
13810999-G-T | 11690293-G-T | ** | ||||||||
13833297-GAATGC-G | 11712591-GAATGC-G | ** | ||||||||
13862320-G-A | 11741614-G-A | ** | ||||||||
13874561-C-A | 11753855-C-A | ** | ||||||||
13926449-T-C | 11805743-T-C | ** | ||||||||
13971557-G-C | 11850851-G-C | ** | ||||||||
13971680-G-C | 11850974-G-C | ** | ||||||||
13997222-A-T | 11876516-A-T | ** | ||||||||
14024888-C-A | 11904182-C-A | ** | ||||||||
14024907-C-A | 11904201-C-A | FT130723 | ** | |||||||
14041704-C-A | 11920998-C-A | ** | ||||||||
14066005-T-G | 11945299-T-G | ** | ||||||||
14066017-C-G | 11945311-C-G | ** | ||||||||
14066927-T-C | 11946221-T-C | ** | ||||||||
14098860-C-A | 11978154-C-A | ** | ||||||||
14113929-G-T | 11993223-G-T | ** | ||||||||
14189437-C-A | 12068731-C-A | ** | ||||||||
14201952-C-T | 12081246-C-T | ** | ||||||||
14214430-T-A | 12093724-T-A | ** | ||||||||
14230604-T-C | 12109898-T-C | ** | ||||||||
14235763-C-A | 12115057-C-A | ** | ||||||||
14300485-A-G | 12179779-A-G | ** | ||||||||
14330935-G-C | 12210229-G-C | ** | ||||||||
14396504-G-A | 12275800-G-A | ** | ||||||||
14428853-C-A | 12308128-C-A | ** | ||||||||
14472383-C-A | 12351652-C-A | ** | ||||||||
14472745-T-A | 12352014-T-A | ** | ||||||||
14506653-G-C | 12394858-G-C | ** | ||||||||
14573075-A-C | 12461275-A-C | ** | ||||||||
14582491-A-G | 12470691-A-G | ** | ||||||||
14593067-T-G | 12481267-T-G | ** | ||||||||
14645590-C-T | 12533654-C-T | ** | ||||||||
14653190-C-A | 12541255-C-A | ** | ||||||||
14696927-G-A | 12584993-G-A | FTB36336 | ** | |||||||
14696934-A-T | 12585000-A-T | ** | ||||||||
14696953-A-T | 12585019-A-T | ** | ||||||||
14700895-A-G | 12588961-A-G | ** | ||||||||
14721894-A-G | 12609962-A-G | ** | ||||||||
14749037-GT-G | 12637106-GT-G | ** | ||||||||
14761463-C-A | 12649532-C-A | ** | ||||||||
14778883-C-A | 12666953-C-A | ** | ||||||||
14807424-C-A | 12695495-C-A | ** | ||||||||
14855390-C-A | 12743456-C-A | ** | ||||||||
14859071-T-C | 12747137-T-C | ** | ||||||||
14919393-T-G | 12807458-T-G | ** | ||||||||
14919402-G-A | 12807467-G-A | ** | ||||||||
14919406-C-T | 12807471-C-T | ** | ||||||||
14980892-C-A | 12868968-C-A | ** | ||||||||
15038494-T-C | 12926584-T-C | ** | ||||||||
15038521-C-A | 12926611-C-A | ** | ||||||||
15055537-C-A | 12943629-C-A | ** | ||||||||
15180145-G-T | 13068231-G-T | ** | ||||||||
15218935-C-A | 13107021-C-A | ** | ||||||||
15313746-C-G | 13201851-C-G | ** | ||||||||
15357922-T-C | 13246041-T-C | ** | ||||||||
15357936-A-C | 13246055-A-C | ** | ||||||||
15388424-C-A | 13276544-C-A | ** | ||||||||
15420382-C-T | 13308502-C-T | ** | ||||||||
15447109-C-G | 13335229-C-G | ** | ||||||||
15573635-C-A | 13461755-C-A | ** | ||||||||
15605811-C-A | 13493931-C-A | ** | ||||||||
15630733-G-T | 13518853-G-T | ** | ||||||||
15635867-C-T | 13523987-C-T | ** | ||||||||
15653359-A-C | 13541479-A-C | ** | ||||||||
15712432-C-T | 13600552-C-T | ** | ||||||||
15728700-A-T | 13616820-A-T | ** | ||||||||
15844928-A-G | 13733048-A-G | ** | ||||||||
15865608-C-A | 13753728-C-A | ** | ||||||||
15874194-A-G | 13762314-A-G | ** | ||||||||
15942855-G-C | 13830975-G-C | ** | ||||||||
16030230-C-A | 13918350-C-A | ** | ||||||||
16075937-C-A | 13964057-C-A | ** | ||||||||
16092438-A-C | 13980558-A-C | ** | ||||||||
16092480-C-A | 13980600-C-A | ** | ||||||||
16092518-A-C | 13980638-A-C | ** | ||||||||
16157693-T-G | 14045813-T-G | P8_Dst | ** | |||||||
16157696-A-G | 14045816-A-G | P8_Dst | ** | |||||||
16157705-A-G | 14045825-A-G | P8_Dst | ** | |||||||
16157746-A-AAAGAG | 14045866-A-AAAGAG | P8_Dst | ** | |||||||
16175166-CT-C | 14063286-CT-C | ** | ||||||||
16181436-C-T | 14069556-C-T | ** | ||||||||
16188824-C-A | 14076944-C-A | ** | ||||||||
16192789-C-A | 14080909-C-A | ** | ||||||||
16196106-C-T | 14084226-C-T | ** | ||||||||
16324159-T-G | 14212279-T-G | ** | ||||||||
16384837-C-T | 14272957-C-T | FGC58380 | ** | |||||||
16384875-T-C | 14272995-T-C | ** | ||||||||
16422480-G-T | 14310600-G-T | ** | ||||||||
16458286-C-T | 14346406-C-T | ** | ||||||||
16463538-A-G | 14351658-A-G | ** | ||||||||
16519173-C-A | 14407293-C-A | ** | ||||||||
16575286-T-G | 14463406-T-G | ** | ||||||||
16577767-C-A | 14465887-C-A | ** | ||||||||
16584051-C-A | 14472171-C-A | ** | ||||||||
16604519-G-A | 14492639-G-A | ** | ||||||||
16703066-A-T | 14591186-A-T | ** | ||||||||
16799440-A-C | 14687560-A-C | ** | ||||||||
16927696-C-A | 14815816-C-A | ** | ||||||||
16981098-C-A | 14869218-C-A | ** | ||||||||
17037330-T-C | 14925450-T-C | ** | ||||||||
17037359-A-G | 14925479-A-G | ** | ||||||||
17187264-C-A | 15075384-C-A | ** | ||||||||
17196393-C-A | 15084513-C-A | ** | ||||||||
17217017-A-G | 15105137-A-G | ** | ||||||||
17217029-A-G | 15105149-A-G | ** | ||||||||
17217186-G-T | 15105306-G-T | ** | ||||||||
17270784-C-A | 15158904-C-A | ** | ||||||||
17277418-C-T | 15165538-C-T | 4×ATAA | ** | |||||||
17346497-G-A | 15234617-G-A | ** | ||||||||
17395633-C-A | 15283753-C-A | ** | ||||||||
17436386-C-A | 15324506-C-A | ** | ||||||||
17460244-A-G | 15348364-A-G | ** | ||||||||
17461405-T-C | 15349525-T-C | ** | ||||||||
17532471-C-A | 15420591-C-A | ** | ||||||||
17537864-C-A | 15425984-C-A | ** | ||||||||
17563087-C-A | 15451207-C-A | ** | ||||||||
17568521-C-A | 15456641-C-A | ** | ||||||||
17729407-C-A | 15617527-C-A | ** | ||||||||
17793210-C-A | 15681330-C-A | ** | ||||||||
17865374-C-A | 15753494-C-A | ** | ||||||||
17890775-C-T | 15778895-C-T | ** | ||||||||
17992117-G-T | 15880237-G-T | P7_Prx | ** | |||||||
17992129-T-C | 15880249-T-C | P7_Prx | ** | |||||||
17992148-G-C | 15880268-G-C | P7_Prx | ** | |||||||
18019150-C-A | 15907270-C-A | ** | ||||||||
18020767-C-T | 15908887-C-T | ** | ||||||||
18040055-T-A | 15928175-T-A | ** | ||||||||
18144171-A-C | 16032291-A-C | ** | ||||||||
18144177-A-T | 16032297-A-T | ** | ||||||||
18232464-C-A | 16120584-C-A | ** | ||||||||
18239569-C-A | 16127689-C-A | ** | ||||||||
18512329-T-G | 16400449-T-G | P6_Dst | ** | |||||||
18581819-C-T | 16469939-C-T | ** | ||||||||
18661559-G-C | 16549679-G-C | ** | ||||||||
18661567-C-A | 16549687-C-A | ** | ||||||||
18682856-C-A | 16570976-C-A | ** | ||||||||
18687540-G-A | 16575660-G-A | ** | ||||||||
18709092-G-T | 16597212-G-T | ** | ||||||||
18717709-T-A | 16605829-T-A | ** | ||||||||
18737657-C-A | 16625777-C-A | ** | ||||||||
18752121-A-G | 16640241-A-G | ** | ||||||||
18853459-A-T | 16741579-A-T | ** | ||||||||
18853464-G-A | 16741584-G-A | ** | ||||||||
18853501-C-T | 16741621-C-T | ** | ||||||||
18853505-C-T | 16741625-C-T | FT96945 | ** | |||||||
18883390-C-A | 16771510-C-A | ** | ||||||||
18883855-C-A | 16771975-C-A | ** | ||||||||
18933628-G-A | 16821748-G-A | ** | ||||||||
18937262-G-A | 16825382-G-A | ** | ||||||||
18983909-C-A | 16872029-C-A | ** | ||||||||
19011053-C-A | 16899173-C-A | ** | ||||||||
19023274-G-C | 16911394-G-C | ** | ||||||||
19107451-C-A | 16995571-C-A | ** | ||||||||
19246550-C-A | 17134670-C-A | ** | ||||||||
19249391-A-C | 17137511-A-C | ** | ||||||||
19250342-C-A | 17138462-C-A | ** | ||||||||
19300406-C-A | 17188526-C-A | ** | ||||||||
19382709-C-A | 17270829-C-A | ** | ||||||||
19493863-T-C | 17381983-T-C | ** | ||||||||
19501646-C-T | 17389766-C-T | ** | ||||||||
19501658-A-T | 17389778-A-T | ** | ||||||||
19501659-AT-A | 17389779-AT-A | ** | ||||||||
19735964-G-C | 17624084-G-C | P5_Prx | ** | |||||||
19735970-A-T | 17624090-A-T | P5_Prx | ** | |||||||
19735976-T-C | 17624096-T-C | P5_Prx | ** | |||||||
19735995-G-C | 17624115-G-C | P5_Prx | ** | |||||||
19878511-A-C | 17766631-A-C | P5_Prx | ** | |||||||
19878530-T-C | 17766650-T-C | P5_Prx | ** | |||||||
20212298-A-AAG | 18050412-A-AAG | P5_Dst | ** | |||||||
20255040-A-T | 18093154-A-T | P5_Dst | ** | |||||||
20433768-A-G | 18271882-A-G | P5_Dst | ** | |||||||
20675908-C-A | 18514022-C-A | P4_Prx | ** | |||||||
20712309-CACACACACACATG-C | 18550423-CACACACACACATG-C | P4_Prx | ** | |||||||
21090977-C-A | 18929091-C-A | ** | ||||||||
21154425-C-A | 18992539-C-A | ** | ||||||||
21299402-T-G | 19137516-T-G | ** | ||||||||
21301909-T-A | 19140023-T-A | ** | ||||||||
21318385-G-T | 19156499-G-T | ** | ||||||||
21422286-G-A | 19260400-G-A | ** | ||||||||
21444612-T-A | 19282726-T-A | ** | ||||||||
21446442-C-T | 19284556-C-T | ** | ||||||||
21515640-A-G | 19353754-A-G | ** | ||||||||
21721049-C-A | 19559163-C-A | ** | ||||||||
21990416-A-C | 19828530-A-C | ** | ||||||||
22005419-C-A | 19843533-C-A | ** | ||||||||
22027592-T-C | 19865706-T-C | ** | ||||||||
22034835-T-G | 19872949-T-G | ** | ||||||||
22076303-C-T | 19914417-C-T | ** | ||||||||
22079509-C-A | 19917623-C-A | ** | ||||||||
22115586-A-C | 19953700-A-C | ** | ||||||||
22167325-A-G | 20005439-A-G | FT119339 | ** | |||||||
22167893-A-T | 20006007-A-T | ** | ||||||||
22202417-G-A | 20040531-G-A | ** | ||||||||
22527119-C-A | 20365233-C-A | ** | ||||||||
22551430-C-G | 20389544-C-G | ** | ||||||||
22580168-C-A | 20418282-C-A | ** | ||||||||
22602375-C-A | 20440489-C-A | ** | ||||||||
22703439-A-G | 20541553-A-G | ** | ||||||||
22874506-A-G | 20712620-A-G | ** | ||||||||
22874507-C-T | 20712621-C-T | ** | ||||||||
22916046-G-T | 20754160-G-T | ** | ||||||||
22916902-G-A | 20755016-G-A | ** | ||||||||
22926834-C-A | 20764948-C-A | ** | ||||||||
22937372-C-A | 20775486-C-A | ** | ||||||||
22937520-C-A | 20775634-C-A | ** | ||||||||
22997873-G-A | 20835987-G-A | ** | ||||||||
23035760-C-A | 20873874-C-A | ** | ||||||||
23076252-C-A | 20914366-C-A | ** | ||||||||
23079277-C-A | 20917391-C-A | ** | ||||||||
23126309-A-C | 20964423-A-C | ** | ||||||||
23252844-T-C | 21090958-T-C | ** | ||||||||
23310533-T-A | 21148647-T-A | ** | ||||||||
23376951-C-A | 21215065-C-A | ** | ||||||||
23380371-C-A | 21218485-C-A | ** | ||||||||
23389620-C-A | 21227734-C-A | ** | ||||||||
23412980-C-A | 21251094-C-A | ** | ||||||||
23554867-T-A | 21392981-T-A | ** | ||||||||
23591026-A-T | 21429140-A-T | ** | ||||||||
23638295-G-T | 21476409-G-T | ** | ||||||||
23792436-C-A | 21630550-C-A | ** | ||||||||
23985511-T-C | 21839364-T-C | ** | ||||||||
24003208-A-G | 21857061-A-G | ** | ||||||||
24013910-A-C | 21867763-A-C | ** | ||||||||
24400157-C-A | 22254010-C-A | ** | ||||||||
24409140-G-T | 22262993-G-T | ** | ||||||||
24432689-T-A | 22286542-T-A | ** | ||||||||
24472055-T-G | 22325908-T-G | ** | ||||||||
24643315-G-A | 22497168-G-A | P3_t2 | ** | |||||||
24673221-T-C | 22527074-T-C | P3_b2 | ** | |||||||
25964931-G-C | 23818784-G-C | P1_Y1 | ** | |||||||
26012908-A-AG | 23866761-A-AG | P1_Y1 | ** | |||||||
26153886-A-G | 24007739-A-G | P1_Y1 | ** | |||||||
26153887-G-A | 24007740-G-A | P1_Y1 | ** | |||||||
26179641-C-A | 24033494-C-A | P1_Y1 | ** | |||||||
27021884-T-A | 24875737-T-A | P1_r4 | ** | |||||||
27022367-C-A | 24876220-C-A | P1_r4 | ** | |||||||
27784509-T-A | 25638362-T-A | P1_Y2 | ** | |||||||
27838416-G-T | 25692269-G-T | P1_Y2 | ** | |||||||
27861879-A-G | 25715732-A-G | P1_Y2 | ** | |||||||
27872459-A-G | 25726312-A-G | P1_Y2 | ** | |||||||
28462814-G-T | 26316667-G-T | ** | ||||||||
28621869-G-T | 26475722-G-T | ** | ||||||||
28640624-T-C | 26494477-T-C | ** | ||||||||
28657708-AG-A | 26511561-AG-A | ** | ||||||||
28678828-T-G | 26532681-T-G | ** | ||||||||
28700767-A-G | 26554620-A-G | ** | ||||||||
28755145-G-A | 26608998-G-A | ** | ||||||||
28780866-A-C | 26634719-A-C | ** | ||||||||
28788609-C-A | 26642462-C-A | ** | ||||||||
28798919-G-A | 26652772-G-A | ** | ||||||||
28800217-G-C | 26654070-G-C | ** | ||||||||
28800227-G-C | 26654080-G-C | ** | ||||||||
28801820-T-C | 26655673-T-C | ** | ||||||||
28814879-G-C | 26668732-G-C | ** | ||||||||
7361283-C-A | 7493242-C-A | *** | *** | |||||||
14239052-GTA-G | 12118346-GTA-G | *** | ||||||||
58975626-C-T | 56829479-C-T | *** | ||||||||
11643775-A-C | *** | |||||||||
13691881-C-A | 11536205-C-A | *** | ||||||||
19528215-C-A | 17416335-C-A | *** | ||||||||
21226300-CTTTT-C | 19064414-CTTTT-C | 13×T | *** | |||||||
13926885-C-A | 11806179-C-A | *** | ||||||||
14774281-TG-T,TT | 12662350-TG-T,TT | *** | ||||||||
23477168-C-A | 21315282-C-A | *** | ||||||||
13940860-AG-A | 11820154-AG-A | *** | ||||||||
27906785-G-T | 25760638-G-T | P1_Y2 | *** | |||||||
7088381-C-A | 7220340-C-A | *** | ||||||||
19476407-C-A | 17364527-C-A | *** | ||||||||
18793530-G-T | 16681650-G-T | *** | ||||||||
13457820-C-A | 11302144-C-A | *** | ||||||||
15739437-C-A | 13627557-C-A | *** | ||||||||
23190434-C-A | 21028548-C-A | *** | ||||||||
13489622-C-CT,T | 11333946-C-CT,T | *** | ||||||||
24459489-C-A | 22313342-C-A | *** | ||||||||
15741869-G-T | 13629989-G-T | *** | ||||||||
13708974-A-G | 11553298-A-G | *** | ||||||||
14088697-C-A | 11967991-C-A | *** | ||||||||
10798311-AATTCCATTCC-A,AATTCC | *** | |||||||||
19368453-C-A | 17256573-C-A | *** | ||||||||
10889804-C-T | *** | |||||||||
7334278-C-A | 7466237-C-A | *** | ||||||||
8528900-CAAAA-C | 8660859-CAAAA-C | 15×A | *** | |||||||
9126709-G-T | *** | |||||||||
13315796-T-C | 11160120-T-C | *** | ||||||||
8536138-G-A | 8668097-G-A | *** | ||||||||
7572662-C-A | 7704621-C-A | *** | ||||||||
8026755-C-A | 8158714-C-A | FTA27536 | *** | |||||||
2688274-T-C | 2820233-T-C | *** | ||||||||
2833450-C-A | 2965409-C-A | *** | ||||||||
6012750-G-A | 6144709-G-A | *** | ||||||||
6585114-T-C | 6717073-T-C | *** | ||||||||
6791961-T-C | 6923920-T-C | *** | ||||||||
6955884-G-A | 7087843-G-A | *** | ||||||||
7073448-C-A | 7205407-C-A | *** | ||||||||
7143593-C-A | 7275552-C-A | *** | ||||||||
7167858-C-A | 7299817-C-A | *** | ||||||||
7214138-C-T | 7346097-C-T | *** | ||||||||
7230390-CT-C | 7362349-CT-C | *** | ||||||||
7287418-C-A | 7419377-C-A | *** | ||||||||
7314761-C-A | 7446720-C-A | *** | ||||||||
7322096-A-C | 7454055-A-C | *** | ||||||||
7338757-TA-T | 7470716-TA-T | *** | ||||||||
7426151-A-G | 7558110-A-G | *** | ||||||||
7891300-C-A | 8023259-C-A | *** | ||||||||
7964415-G-T | 8096374-G-T | *** | ||||||||
7989173-C-A | 8121132-C-A | *** | ||||||||
8384845-G-T | 8516804-G-T | *** | ||||||||
8434655-C-A | 8566614-C-A | *** | ||||||||
8533700-A-G | 8665659-A-G | *** | ||||||||
8772024-C-A | 8903983-C-A | *** | ||||||||
9047793-C-A | 9210184-C-A | *** | ||||||||
9050644-C-A | 9213035-C-A | *** | ||||||||
9142523-C-A | 9304914-C-A | *** | ||||||||
9811329-C-A | 9973720-C-A | *** | ||||||||
9907893-G-T | 10070284-G-T | *** | ||||||||
10016390-G-A | 10178781-G-A | *** | ||||||||
10033788-T-A | 10196179-T-A | *** | ||||||||
11014387-C-T | *** | |||||||||
13194926-T-C | 11039250-T-C | *** | ||||||||
13312361-C-A | 11156685-C-A | *** | ||||||||
13447925-C-A | 11292249-C-A | *** | ||||||||
13448744-C-T | 11293068-C-T | *** | ||||||||
13456943-A-T | 11301267-A-T | *** | ||||||||
13463037-C-A | 11307361-C-A | *** | ||||||||
13478743-C-A | 11323067-C-A | *** | ||||||||
13804339-T-C | 11683633-T-C | *** | ||||||||
14083813-C-A | 11963107-C-A | *** | ||||||||
14480755-C-A | 12360024-C-A | *** | ||||||||
14595421-C-T | 12483621-C-T | *** | ||||||||
14717605-T-G | 12605673-T-G | *** | ||||||||
15051666-C-A | 12939757-C-A | FT409338 | *** | |||||||
15136136-G-C | 13024223-G-C | *** | ||||||||
15531621-C-A | 13419741-C-A | *** | ||||||||
15655738-C-A | 13543858-C-A | *** | ||||||||
15945461-T-C | 13833581-T-C | *** | ||||||||
16018174-C-A | 13906294-C-A | *** | ||||||||
16042460-C-A | 13930580-C-A | *** | ||||||||
16090112-T-C | 13978232-T-C | *** | ||||||||
16276236-T-C | 14164356-T-C | *** | ||||||||
16494336-A-ATG | 14382456-A-ATG | *** | ||||||||
16612340-C-A | 14500460-C-A | *** | ||||||||
16731767-C-A | 14619887-C-A | *** | ||||||||
16775546-C-A | 14663666-C-A | *** | ||||||||
16842479-C-A | 14730599-C-A | *** | ||||||||
17055792-C-A | 14943912-C-A | *** | ||||||||
17412127-G-T | 15300247-G-T | *** | ||||||||
17495882-C-A | 15384002-C-A | *** | ||||||||
17600080-G-T | 15488200-G-T | *** | ||||||||
17646518-C-A | 15534638-C-A | *** | ||||||||
17807767-C-A | 15695887-C-A | *** | ||||||||
17985117-G-A | 15873237-G-A | FT392478 | *** | |||||||
18385650-C-A | 16273770-C-A | P6_Gap | *** | |||||||
18605059-G-C | 16493179-G-C | *** | ||||||||
19067754-T-C | 16955874-T-C | *** | ||||||||
19125030-C-A | 17013150-C-A | *** | ||||||||
19231319-CTTTTTT-C,CTTTTT | 17119439-CTTTTTT-C,CTTTTT | 24×T | *** | |||||||
19243348-C-A | 17131468-C-A | *** | ||||||||
21088635-C-A | 18926749-C-A | *** | ||||||||
21215865-C-T | 19053979-C-T | *** | ||||||||
21456782-C-A | 19294896-C-A | *** | ||||||||
22177716-C-CT | 20015830-C-CT | 9×T | *** | |||||||
22611391-G-T | 20449505-G-T | *** | ||||||||
23131123-C-A | 20969237-C-A | *** | ||||||||
23467405-C-A | 21305519-C-A | *** | ||||||||
23468701-G-T | 21306815-G-T | *** | ||||||||
28776037-C-A | 26629890-C-A | *** |
In the table above, the meaning of the confidence field depends on whether the data comes from an FTDNA kit or an FGC kit. For FTDNA kits, + implies a "PASS" result with just one possible variant, * indicates a "PASS" but with multiple variants, ** indicates "REJECTED" with just a single variant, and *** indicates "REJECTED" with multiple possible variants. 'A*' are heterozygous variants not called by FTDNA, but still pulled from the VCF file. For FGC kits, + indicates over 99% likely genuine (95% for INDELs); * over 95% likely genuine (90% for INDELs); ** about 40% likely genuine; *** about 10% likely genuine. Manual entries read directly from a BAM file will be either + indicating positive, or * indicating that the data show a mixture of possible variants.
For the FTDNA kits, the BED data is encoded in the background color of the cells. Those cells with a white background have coverage, those with a grey background indicate no coverage in the BED file, and those with a pink background indicate the mutation is on the edge of a coverage region. These pink regions often indicate that the individual may be positive for a SNP even if there is no corresponding entry in the vcf file.
The combBED column indicates whether or not the mutation is a SNP and falls in the combBED region defined in Defining a New Rate Constant for Y-Chromosome SNPs based on Full Sequencing Data by Dmitry Adamov, Vladimir Guryanov, Sergey Karzhavin, Vladimir Tagankin, Vadim Urasin.
The McDonald BED column indicates whether or not the mutation is a SNP and falls in the BED region used by Dr. Iain McDonald in the age analysis he does for R-U106 men.
Mutation Notes:
Kit | POSITION-REF-ALT (hg19) | POSITION-REF-ALT (hg38) | Note |
---|---|---|---|
Manual | 14063145-C-CAGAT | 11942439-C-CAGAT | 7 reads cover the region, all are positive. |