Boggs
BigY3: 191742, FTDNA: 191742, BigY2: 191742Tree Position
Unique Mutations
The mutations unique to this man are summarized in the table below. Those with a '+' or '*' confidence level are considered by FamilyTreeDNA or FullGenomesCorp to be high quality SNPs/INDELs. For completeness, all other mutations of lesser confidence are included as well. These additional mutations may be useful for distinguishing between very closely related men.
Occasionally, some of the mutations listed here will be thought to be shared with other men in which case they might appear in upstream blocks on the tree. When this happens, the 'Blocks' field will indicate what block they appear in. Such a situation might arise with BigY men if the BED data suggests another man may be positive for a SNP, even though it doesn't appear in his VCF data. It might also happen if Chromo2 testing or Sanger sequencing of other men not on the tree show the SNP to be shared.
POS-REF-ALT (hg19) | POS-REF-ALT (hg38) | Blocks | Names | Region | McDonald BED | combBED | STR | BigY3 191742 | FTDNA 191742 | BigY2 191742 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
10673383-C-A | A* | |||||||||
10673387-C-A | A* | |||||||||
10673398-G-T | A* | |||||||||
11028253-T-A | A* | ** | ||||||||
11033893-T-C | A* | |||||||||
3398980-C-CT | 3530939-C-CT | 10×T | A* | |||||||
10750733-C-A | A* | |||||||||
13470616-C-G | 11314940-C-G | A* | ||||||||
13658807-G-A | 11503131-G-A | BY87335 | A* | |||||||
13658815-C-T | 11503139-C-T | FT447447 | A* | |||||||
5384472-A-G | 5516431-A-G | A* | ||||||||
19680036-G-T | 17568156-G-T | P5_Prx | A* | |||||||
24256838-G-A | 22110691-G-A | P3_b1 | A* | |||||||
25607083-A-G | 23460936-A-G | P1_gr1 | A* | |||||||
56836354-A-G | A* | |||||||||
24600442-CTCTTTCTTTCTTTCTT-C | 22454295-CTCTTTCTTTCTTTCTT-C | P3_t2 | 18×TCTT | + | * | |||||
6742788-T-C | 6874747-T-C | BY61024 | Y | Y | + | + | + | |||
3243156-C-A | 3375115-C-A | * | ||||||||
3930844-CAT-C | 4062803-CAT-C | 8×AT | ** | |||||||
10018339-A-C | 10180730-A-C | ** | ||||||||
2941919-A-G | 3073878-A-G | ** | ||||||||
9958000-T-C | 10120391-T-C | ** | ||||||||
13712351-T-A | 11556675-T-A | BY48803 | ** | |||||||
14025822-AAAAG-A | 11905116-AAAAG-A | 5×AAAG | ** | |||||||
21340060-C-A | 19178174-C-A | FT112053 | ** | |||||||
16429101-G-A | 14317221-G-A | ** | ||||||||
7420667-C-CTT | 7552626-C-CTT | 12×T | ** | |||||||
23083237-A-G | 20921351-A-G | ** | ||||||||
14300102-G-A | 12179396-G-A | ** | ||||||||
9997879-C-T | 10160270-C-T | ** | ||||||||
16297355-T-A | 14185475-T-A | ** | ||||||||
15662459-C-A | 13550579-C-A | ** | ||||||||
22950193-CTTTTT-C | 20788307-CTTTTT-C | 21×T | ** | |||||||
16033648-C-A | 13921768-C-A | ** | ||||||||
23039595-A-G | 20877709-A-G | ** | ||||||||
18263843-C-G | 16151963-C-G | ** | ||||||||
10668588-C-CTCCAT | ** | |||||||||
4898552-C-A | 5030511-C-A | ** | ||||||||
6457773-TAAA-T | 6589732-TAAA-T | 15×A | ** | |||||||
14445235-G-T | 12324508-G-T | ** | ||||||||
10799651-A-C | ** | |||||||||
19299243-C-A | 17187363-C-A | ** | ||||||||
15491939-GTGTATATATA-G | 13380059-GTGTATATATA-G | ** | ||||||||
15743986-C-A | 13632106-C-A | ** | ||||||||
10760016-A-C | ** | |||||||||
24611458-GT-G | 22465311-GT-G | P3_t2 | ** | |||||||
18966033-G-T | 16854153-G-T | ** | ||||||||
6085404-C-A | 6217363-C-A | ** | ||||||||
10964826-C-A | ** | |||||||||
22774897-G-T | 20613011-G-T | ** | ||||||||
11011649-A-C | ** | |||||||||
7111620-C-A | 7243579-C-A | ** | ||||||||
3223279-C-A | 3355238-C-A | ** | ||||||||
17740086-G-T | 15628206-G-T | ** | ||||||||
15422843-C-T | 13310963-C-T | FT180332 | ** | |||||||
10686161-G-C | ** | |||||||||
28755816-C-A | 26609669-C-A | ** | ||||||||
11647936-C-A | ** | |||||||||
11023002-C-T | ** | |||||||||
10912947-A-G | ** | |||||||||
10980768-C-T | ** | |||||||||
11000261-C-A | ** | |||||||||
16598967-G-A | 14487087-G-A | ** | ||||||||
10821844-C-A | ** | |||||||||
17175457-G-T | 15063577-G-T | ** | ||||||||
5869453-C-A | 6001412-C-A | ** | ||||||||
19272169-G-T | 17160289-G-T | ** | ||||||||
3012883-C-A | 3144842-C-A | ** | ||||||||
28727533-C-T | 26581386-C-T | ** | ||||||||
15400050-C-A | 13288170-C-A | ** | ||||||||
11010366-C-T | ** | |||||||||
11010369-G-A | ** | |||||||||
8408475-A-C | 8540434-A-C | ** | ||||||||
14295376-C-A | 12174670-C-A | ** | ||||||||
14035235-C-A | 11914529-C-A | ** | ||||||||
17580765-ATTT-A | 15468885-ATTT-A | 16×T | ** | |||||||
19558276-ATTT-A | 17446396-ATTT-A | 14×T | ** | |||||||
26153977-A-G | 24007830-A-G | P1_Y1 | ** | |||||||
5562381-C-A | 5694340-C-A | ** | ||||||||
4213185-TG-T | 4345144-TG-T | ** | ||||||||
15380642-G-T | 13268762-G-T | ** | ||||||||
10841851-G-T | ** | |||||||||
14994048-C-A | 12882133-C-A | ** | ||||||||
16048873-C-A | 13936993-C-A | ** | ||||||||
13422414-C-A | 11266738-C-A | ** | ||||||||
11028220-A-T | FT440122 | ** | ||||||||
10034075-C-T | 10196466-C-T | BY35177 | ** | |||||||
4433355-C-A | 4565314-C-A | ** | ||||||||
11010397-T-C | ** | |||||||||
11032301-C-T | ** | |||||||||
10688066-T-C | ** | |||||||||
4616619-C-A | 4748578-C-A | ** | ||||||||
11022993-A-G | ** | |||||||||
10828550-A-C | ** | |||||||||
3830957-G-C | 3962916-G-C | ** | ||||||||
6971806-G-A | 7103765-G-A | ** | ||||||||
19509804-C-A | 17397924-C-A | ** | ||||||||
27861064-C-T | 25714917-C-T | P1_Y2 | ** | |||||||
3279925-C-A | 3411884-C-A | ** | ||||||||
18518211-G-T | 16406331-G-T | P6_Dst | ** | |||||||
10912943-G-C | ** | |||||||||
22146404-C-A | 19984518-C-A | ** | ||||||||
3545886-G-A | 3677845-G-A | ** | ||||||||
10964813-A-C | ** | |||||||||
10964843-A-ACTCTCCTC | ** | |||||||||
10964847-T-TGCATTAC | ** | |||||||||
2697622-T-C | 2829581-T-C | ** | ||||||||
2745855-C-A | 2877814-C-A | ** | ||||||||
2790563-A-T | 2922522-A-T | ** | ||||||||
2792964-C-A | 2924923-C-A | ** | ||||||||
2947862-C-A | 3079821-C-A | ** | ||||||||
3045872-C-A | 3177831-C-A | ** | ||||||||
3052086-G-A | 3184045-G-A | ** | ||||||||
3073693-A-G | 3205652-A-G | ** | ||||||||
3078277-G-T | 3210236-G-T | ** | ||||||||
3091898-C-A | 3223857-C-A | ** | ||||||||
3138186-C-A | 3270145-C-A | ** | ||||||||
3168112-G-T | 3300071-G-T | ** | ||||||||
3226469-C-A | 3358428-C-A | ** | ||||||||
3246366-G-T | 3378325-G-T | ** | ||||||||
3279563-AC-A | 3411522-AC-A | ** | ||||||||
3357310-C-A | 3489269-C-A | ** | ||||||||
3367847-C-A | 3499806-C-A | ** | ||||||||
3388631-T-C | 3520590-T-C | ** | ||||||||
3394036-C-A | 3525995-C-A | ** | ||||||||
3404513-C-A | 3536472-C-A | ** | ||||||||
3427599-C-A | 3559558-C-A | ** | ||||||||
3436999-G-T | 3568958-G-T | ** | ||||||||
3451254-G-T | 3583213-G-T | ** | ||||||||
3467166-C-A | 3599125-C-A | ** | ||||||||
3491774-T-C | 3623733-T-C | ** | ||||||||
3545656-G-T | 3677615-G-T | ** | ||||||||
3622630-C-A | 3754589-C-A | ** | ||||||||
3747683-G-T | 3879642-G-T | ** | ||||||||
3755699-C-A | 3887658-C-A | ** | ||||||||
3832004-C-A | 3963963-C-A | ** | ||||||||
3865301-C-A | 3997260-C-A | ** | ||||||||
3866108-C-A | 3998067-C-A | ** | ||||||||
3922795-G-A | 4054754-G-A | FT200387 | ** | |||||||
4000592-G-T | 4132551-G-T | ** | ||||||||
4017208-A-G | 4149167-A-G | ** | ||||||||
4035687-G-T | 4167646-G-T | ** | ||||||||
4108246-C-A | 4240205-C-A | ** | ||||||||
4111293-C-A | 4243252-C-A | ** | ||||||||
4194137-G-A | 4326096-G-A | FT38905 | ** | |||||||
4201194-T-A | 4333153-T-A | ** | ||||||||
4215645-A-G | 4347604-A-G | ** | ||||||||
4258792-C-A | 4390751-C-A | ** | ||||||||
4302425-C-A | 4434384-C-A | FTA13972 | ** | |||||||
4303116-T-A | 4435075-T-A | ** | ||||||||
4326584-A-T | 4458543-A-T | ** | ||||||||
4389677-T-A | 4521636-T-A | ** | ||||||||
4429572-C-A | 4561531-C-A | ** | ||||||||
4461438-G-T | 4593397-G-T | ** | ||||||||
4479328-C-A | 4611287-C-A | ** | ||||||||
4509174-G-A | 4641133-G-A | ** | ||||||||
4527190-C-A | 4659149-C-A | ** | ||||||||
4527374-C-A | 4659333-C-A | ** | ||||||||
4532026-A-G | 4663985-A-G | ** | ||||||||
4532129-C-A | 4664088-C-A | ** | ||||||||
4546407-G-T | 4678366-G-T | ** | ||||||||
4562058-G-A | 4694017-G-A | ** | ||||||||
4585116-C-A | 4717075-C-A | ** | ||||||||
4670104-C-A | 4802063-C-A | ** | ||||||||
4784927-G-T | 4916886-G-T | ** | ||||||||
4873911-C-G | 5005870-C-G | ** | ||||||||
4888265-C-A | 5020224-C-A | ** | ||||||||
4996252-C-A | 5128211-C-A | ** | ||||||||
5155258-GAGATACCATCTC-G | 5287217-GAGATACCATCTC-G | ** | ||||||||
5226320-A-G | 5358279-A-G | ** | ||||||||
5331573-C-A | 5463532-C-A | ** | ||||||||
5358927-G-T | 5490886-G-T | ** | ||||||||
5373118-C-A | 5505077-C-A | ** | ||||||||
5423784-G-T | 5555743-G-T | ** | ||||||||
5427576-C-A | 5559535-C-A | ** | ||||||||
5447102-C-A | 5579061-C-A | ** | ||||||||
5472327-C-A | 5604286-C-A | ** | ||||||||
5472574-C-A | 5604533-C-A | ** | ||||||||
5564191-T-C | 5696150-T-C | ** | ||||||||
5609396-A-G | 5741355-A-G | ** | ||||||||
5625502-C-A | 5757461-C-A | ** | ||||||||
5694300-T-A | 5826259-T-A | ** | ||||||||
5829456-TAA-T | 5961415-TAA-T | 13×A | ** | |||||||
5830312-C-A | 5962271-C-A | ** | ||||||||
5845963-T-C | 5977922-T-C | ** | ||||||||
5905917-A-G | 6037876-A-G | ** | ||||||||
5935171-C-A | 6067130-C-A | ** | ||||||||
5967644-C-A | 6099603-C-A | ** | ||||||||
6022027-C-A | 6153986-C-A | ** | ||||||||
6051300-C-A | 6183259-C-A | ** | ||||||||
6084281-G-A | 6216240-G-A | ** | ||||||||
6412455-T-C | 6544414-T-C | ** | ||||||||
6478468-T-G | 6610427-T-G | ** | ||||||||
6478520-G-T | 6610479-G-T | ** | ||||||||
6532736-G-T | 6664695-G-T | ** | ||||||||
6539080-T-G | 6671039-T-G | ** | ||||||||
6539166-A-T | 6671125-A-T | ** | ||||||||
6541366-T-C | 6673325-T-C | ** | ||||||||
6654429-C-A | 6786388-C-A | ** | ||||||||
6664636-G-T | 6796595-G-T | ** | ||||||||
6734718-C-A | 6866677-C-A | ** | ||||||||
6747994-T-C | 6879953-T-C | Y30014 | ** | |||||||
6790854-A-C | 6922813-A-C | ** | ||||||||
6827609-C-A | 6959568-C-A | ** | ||||||||
6881342-C-A | 7013301-C-A | FTA9522 | ** | |||||||
6882322-C-A | 7014281-C-A | ** | ||||||||
6901239-A-T | 7033198-A-T | ** | ||||||||
6903593-C-A | 7035552-C-A | ** | ||||||||
6981144-A-T | 7113103-A-T | ** | ||||||||
7007995-T-G | 7139954-T-G | ** | ||||||||
7041853-G-T | 7173812-G-T | ** | ||||||||
7086804-G-A | 7218763-G-A | ** | ||||||||
7116506-C-G | 7248465-C-G | ** | ||||||||
7155463-C-A | 7287422-C-A | ** | ||||||||
7174633-C-A | 7306592-C-A | ** | ||||||||
7210075-C-A | 7342034-C-A | ** | ||||||||
7320325-C-A | 7452284-C-A | ** | ||||||||
7320330-C-A | 7452289-C-A | ** | ||||||||
7320488-T-C | 7452447-T-C | ** | ||||||||
7390190-C-A | 7522149-C-A | ** | ||||||||
7425082-C-A | 7557041-C-A | ** | ||||||||
7573145-C-CAA | 7705104-C-CAA | 22×A | ** | |||||||
7759169-C-G | 7891128-C-G | ** | ||||||||
7862049-C-A | 7994008-C-A | ** | ||||||||
7939354-TCC-T | 8071313-TCC-T | ** | ||||||||
8140388-C-A | 8272347-C-A | ** | ||||||||
8171855-C-T | 8303814-C-T | ** | ||||||||
8235794-C-T | 8367753-C-T | ** | ||||||||
8269935-C-A | 8401894-C-A | ** | ||||||||
8408992-A-T | 8540951-A-T | ** | ||||||||
8673951-C-A | 8805910-C-A | ** | ||||||||
9107625-G-C | ** | |||||||||
9107669-G-C | ** | |||||||||
9025344-C-A | 9187735-C-A | ** | ||||||||
9040207-ATTTTT-A | 9202598-ATTTTT-A | 16×T | ** | |||||||
9139939-C-A | 9302330-C-A | ** | ||||||||
9140126-C-A | 9302517-C-A | ** | ||||||||
9313816-C-A | 9476207-C-A | ** | ||||||||
9501253-T-C | 9663644-T-C | ** | ||||||||
9824200-C-T | 9986591-C-T | ** | ||||||||
9939810-C-A | 10102201-C-A | ** | ||||||||
9944944-G-T | 10107335-G-T | ** | ||||||||
9952635-T-C | 10115026-T-C | ** | ||||||||
9996128-C-A | 10158519-C-A | ** | ||||||||
9997875-C-A | 10160266-C-A | ** | ||||||||
10001403-T-C | 10163794-T-C | ** | ||||||||
10018119-C-A | 10180510-C-A | ** | ||||||||
10018348-A-C | 10180739-A-C | ** | ||||||||
10024965-C-A | 10187356-C-A | ** | ||||||||
10624552-T-C | ** | |||||||||
10654801-C-A | ** | |||||||||
10655968-G-T | ** | |||||||||
10671774-T-C | ** | |||||||||
10686042-C-A | ** | |||||||||
10686159-T-C | ** | |||||||||
10687033-C-A | ** | |||||||||
10691557-C-A | ** | |||||||||
10746583-C-A | ** | |||||||||
10773439-C-A | ** | |||||||||
10775062-A-G | ** | |||||||||
10782881-C-A | ** | |||||||||
10786290-G-T | ** | |||||||||
10794836-C-T | FT178486 | ** | ||||||||
10798691-C-A | ** | |||||||||
10800651-A-T | ** | |||||||||
10806089-G-T | ** | |||||||||
10808878-G-T | ** | |||||||||
10824041-C-A | ** | |||||||||
10841427-C-A | ** | |||||||||
10858887-C-A | ** | |||||||||
10864529-G-C | ** | |||||||||
10866536-C-A | ** | |||||||||
10876513-C-A | ** | |||||||||
10881406-T-A | ** | |||||||||
10883306-T-C | ** | |||||||||
10887125-C-A | ** | |||||||||
10887146-C-A | ** | |||||||||
10887502-C-A | ** | |||||||||
10912901-C-A | ** | |||||||||
10932752-C-T | ** | |||||||||
10933511-A-G | ** | |||||||||
10958428-C-A | ** | |||||||||
10973835-A-T | ** | |||||||||
10979738-C-A | ** | |||||||||
10980307-C-A | ** | |||||||||
10980379-C-A | ** | |||||||||
10985552-T-C | ** | |||||||||
10985804-C-A | ** | |||||||||
11000982-C-A | ** | |||||||||
11001933-C-T | ** | |||||||||
11005900-C-A | ** | |||||||||
11010336-C-A | ** | |||||||||
11010338-C-A | ** | |||||||||
11010344-C-T | FT393566 | ** | ||||||||
11010386-T-A | ** | |||||||||
11011274-T-C | ** | |||||||||
11011649-A-ATCTGT | ** | |||||||||
11011673-A-AC | ** | |||||||||
11011675-C-CCACT | ** | |||||||||
11011679-C-CTCTGT | ** | |||||||||
11020050-C-A | ** | |||||||||
11021718-G-T | ** | |||||||||
11022291-C-A | ** | |||||||||
11022809-G-C | ** | |||||||||
11022834-G-A | ** | |||||||||
11022837-C-T | ** | |||||||||
11022839-C-T | ** | |||||||||
11022851-C-G | ** | |||||||||
11022998-A-T | ** | |||||||||
11027778-C-T | ** | |||||||||
11032238-C-G | ** | |||||||||
11032288-C-T | ** | |||||||||
11032297-T-C | ** | |||||||||
11032305-A-T | ** | |||||||||
13249594-C-A | 11093918-C-A | ** | ||||||||
13290548-C-A | 11134872-C-A | ** | ||||||||
13320113-C-A | 11164437-C-A | ** | ||||||||
13441111-G-T | 11285435-G-T | ** | ||||||||
13480674-G-T | 11324998-G-T | ** | ||||||||
13487878-T-C | 11332202-T-C | ** | ||||||||
13515568-T-C | 11359892-T-C | ** | ||||||||
13536455-C-A | 11380779-C-A | ** | ||||||||
13536467-C-A | 11380791-C-A | ** | ||||||||
13554586-C-A | 11398910-C-A | ** | ||||||||
13558162-C-A | 11402486-C-A | ** | ||||||||
13565467-G-T | 11409791-G-T | ** | ||||||||
13601852-C-A | 11446176-C-A | ** | ||||||||
13622051-C-T | 11466375-C-T | ** | ||||||||
13712222-T-C | 11556546-T-C | ** | ||||||||
11649896-T-C | ** | |||||||||
11651022-G-A | ** | |||||||||
11653991-A-C | ** | |||||||||
11665600-G-T | ** | |||||||||
13855854-G-C | 11735148-G-C | ** | ||||||||
13893381-A-G | 11772675-A-G | ** | ||||||||
13900210-G-A | 11779504-G-A | ** | ||||||||
13902177-C-G | 11781471-C-G | ** | ||||||||
13906747-G-T | 11786041-G-T | ** | ||||||||
13908547-C-A | 11787841-C-A | ** | ||||||||
13910264-C-A | 11789558-C-A | FT29571 | ** | |||||||
13935778-C-A | 11815072-C-A | ** | ||||||||
13946106-T-C | 11825400-T-C | ** | ||||||||
13963233-C-A | 11842527-C-A | ** | ||||||||
13981606-G-T | 11860900-G-T | ** | ||||||||
13995990-C-A | 11875284-C-A | ** | ||||||||
13996487-A-G | 11875781-A-G | ** | ||||||||
14047740-A-G | 11927034-A-G | ** | ||||||||
14047742-G-T | 11927036-G-T | ** | ||||||||
14047745-G-GTGC | 11927039-G-GTGC | ** | ||||||||
14047751-C-T | 11927045-C-T | ** | ||||||||
14047755-C-T | 11927049-C-T | ** | ||||||||
14047756-A-G | 11927050-A-G | YFS071024 | ** | |||||||
14146964-C-A | 12026258-C-A | ** | ||||||||
14146982-C-A | 12026276-C-A | ** | ||||||||
14283379-C-A | 12162673-C-A | ** | ||||||||
14380189-T-A | 12259485-T-A | ** | ||||||||
14383578-C-A | 12262874-C-A | ** | ||||||||
14422721-A-G | 12301996-A-G | ** | ||||||||
14432125-C-A | 12311398-C-A | ** | ||||||||
14483452-T-A | 12362721-T-A | ** | ||||||||
14531449-C-A | 12419650-C-A | ** | ||||||||
14714953-C-A | 12603020-C-A | ** | ||||||||
14715303-G-A | 12603370-G-A | ** | ||||||||
14715468-T-G | 12603535-T-G | ** | ||||||||
14715478-T-G | 12603545-T-G | ** | ||||||||
14764846-C-A | 12652915-C-A | ** | ||||||||
15084222-A-C | 12972312-A-C | ** | ||||||||
15102312-T-C | 12990400-T-C | ** | ||||||||
15178387-C-T | 13066473-C-T | ** | ||||||||
15468474-C-A | 13356594-C-A | ** | ||||||||
15743642-C-A | 13631762-C-A | ** | ||||||||
15746231-C-A | 13634351-C-A | ** | ||||||||
15921125-G-C | 13809245-G-C | ** | ||||||||
15937016-T-C | 13825136-T-C | ** | ||||||||
15940089-C-CTT | 13828209-C-CTT | ** | ||||||||
16052268-G-A | 13940388-G-A | ** | ||||||||
16063527-C-A | 13951647-C-A | ** | ||||||||
16146480-A-AAAGC | 14034600-A-AAAGC | P8_Dst | ** | |||||||
16320048-T-C | 14208168-T-C | ** | ||||||||
16430812-C-A | 14318932-C-A | ** | ||||||||
16498179-T-G | 14386299-T-G | ** | ||||||||
16540007-C-A | 14428127-C-A | ** | ||||||||
16545407-C-A | 14433527-C-A | ** | ||||||||
16706828-T-C | 14594948-T-C | ** | ||||||||
16738519-G-T | 14626639-G-T | ** | ||||||||
16941615-T-C | 14829735-T-C | ** | ||||||||
17042896-C-A | 14931016-C-A | ** | ||||||||
17061775-G-T | 14949895-G-T | ** | ||||||||
17323637-A-G | 15211757-A-G | ** | ||||||||
17374126-A-T | 15262246-A-T | ** | ||||||||
17375590-G-T | 15263710-G-T | ** | ||||||||
17466496-C-A | 15354616-C-A | ** | ||||||||
17795566-G-T | 15683686-G-T | ** | ||||||||
17856077-C-A | 15744197-C-A | ** | ||||||||
18086895-A-C | 15975015-A-C | ** | ||||||||
18187614-T-G | 16075734-T-G | ** | ||||||||
18191425-C-A | 16079545-C-A | ** | ||||||||
18192241-G-A | 16080361-G-A | FT288571 | ** | |||||||
18401153-C-A | 16289273-C-A | P6_Gap | ** | |||||||
18427749-T-A | 16315869-T-A | P6_Dst | ** | |||||||
18544761-G-A | 16432881-G-A | ** | ||||||||
18628052-C-A | 16516172-C-A | ** | ||||||||
18687793-A-G | 16575913-A-G | ** | ||||||||
19055722-A-T | 16943842-A-T | ** | ||||||||
19088217-C-A | 16976337-C-A | ** | ||||||||
19393192-C-A | 17281312-C-A | ** | ||||||||
19472493-C-A | 17360613-C-A | ** | ||||||||
20104222-T-A | 17992342-T-A | P5_Dst | ** | |||||||
20773119-A-AG | 18611233-A-AG | P4_Prx | ** | |||||||
21018093-A-ACT | 18856207-A-ACT | P4_Dst | ** | |||||||
21033451-T-G | 18871565-T-G | ** | ||||||||
21154140-T-C | 18992254-T-C | ** | ||||||||
21234835-C-A | 19072949-C-A | ** | ||||||||
21262764-A-G | 19100878-A-G | ** | ||||||||
21367690-ATTT-A | 19205804-ATTT-A | 14×T | ** | |||||||
21391650-CTTTT-C | 19229764-CTTTT-C | 14×T | ** | |||||||
21409763-C-A | 19247877-C-A | ** | ||||||||
21450691-AG-A | 19288805-AG-A | ** | ||||||||
21500440-C-T | 19338554-C-T | ** | ||||||||
21540870-C-A | 19378984-C-A | ** | ||||||||
21583110-C-G | 19421224-C-G | ** | ||||||||
21617646-C-A | 19455760-C-A | ** | ||||||||
21846478-TAG-T | 19684592-TAG-T | ** | ||||||||
21891006-C-A | 19729120-C-A | ** | ||||||||
22252466-C-A | 20090580-C-A | DYZ19 | ** | |||||||
22252515-GAGTTTCTTCCT-G | 20090629-GAGTTTCTTCCT-G | DYZ19 | ** | |||||||
22426989-C-A | 20265103-C-A | DYZ19 | ** | |||||||
22615257-C-A | 20453371-C-A | ** | ||||||||
22734489-C-A | 20572603-C-A | ** | ||||||||
22808971-C-A | 20647085-C-A | ** | ||||||||
22874178-TA-T | 20712292-TA-T | ** | ||||||||
23047622-C-A | 20885736-C-A | ** | ||||||||
23101516-T-C | 20939630-T-C | ** | ||||||||
23128653-C-A | 20966767-C-A | ** | ||||||||
23262794-C-T | 21100908-C-T | ** | ||||||||
23319133-C-G | 21157247-C-G | ** | ||||||||
23421097-G-C | 21259211-G-C | ** | ||||||||
23777769-G-A | 21615883-G-A | ** | ||||||||
23833026-G-T | 21671140-G-T | ** | ||||||||
21755692-G-T | ** | |||||||||
24070707-C-A | 21924560-C-A | P3_b1 | ** | |||||||
24402366-C-A | 22256219-C-A | ** | ||||||||
24475271-C-A | 22329124-C-A | ** | ||||||||
24625306-G-T | 22479159-G-T | P3_t2 | ** | |||||||
25894829-T-TC | 23748682-T-TC | P1_Y1 | ** | |||||||
26299622-G-T | 24153475-G-T | P1_Y1 | ** | |||||||
27021890-G-GA | 24875743-G-GA | P1_r4 | ** | |||||||
27762680-A-G | 25616533-A-G | P1_Y2 | ** | |||||||
28391001-G-T | 26244854-G-T | P1_gr2 | ** | |||||||
28469525-T-C | 26323378-T-C | ** | ||||||||
28478983-C-A | 26332836-C-A | ** | ||||||||
28484738-G-T | 26338591-G-T | ** | ||||||||
28507576-C-A | 26361429-C-A | ** | ||||||||
28509855-C-G | 26363708-C-G | ** | ||||||||
28535126-T-A | 26388979-T-A | ** | ||||||||
28535198-C-A | 26389051-C-A | ** | ||||||||
28555578-A-G | 26409431-A-G | ** | ||||||||
28558988-C-A | 26412841-C-A | ** | ||||||||
28610534-G-A | 26464387-G-A | ** | ||||||||
28703042-T-C | 26556895-T-C | ** | ||||||||
28727520-G-T | 26581373-G-T | ** | ||||||||
28760119-G-A | 26613972-G-A | ** | ||||||||
28779678-TA-T | 26633531-TA-T | ** | ||||||||
28796822-A-C | 26650675-A-C | ** | ||||||||
56839946-C-T | ** | |||||||||
56846265-C-A | ** | |||||||||
56849933-C-T | ** | |||||||||
36877-G-C | ** | |||||||||
22330295-G-A | 20168409-G-A | DYZ19 | ** | |||||||
6266-C-G | ** | |||||||||
28812513-G-T | 26666366-G-T | ** | ||||||||
5447942-A-G | 5579901-A-G | ** | ||||||||
9429442-G-A | 9591833-G-A | ** | ||||||||
14844871-AGC-T | 12732937-AGC-T | ** | ||||||||
16410610-A-G | 14298730-A-G | ** | ||||||||
17220173-C-T | 15108293-C-T | ** | ||||||||
21238482-G-T | 19076596-G-T | ** | ||||||||
22330303-ATAT-A | 20168417-ATAT-A | DYZ19 | ** | |||||||
23521501-A-G | 21359615-A-G | ** | ||||||||
25994541-T-C | 23848394-T-C | P1_Y1 | ** | |||||||
28751281-C-A | 26605134-C-A | ** | ||||||||
10024206-G-GT | 10186597-G-GT | *** | ||||||||
10024258-G-C | 10186649-G-C | FT65889 | *** | |||||||
14914671-TC-T | 12802738-TC-T | *** | ||||||||
19345123-T-A | 17233243-T-A | *** | ||||||||
10024261-T-TGC | 10186652-T-TGC | *** | ||||||||
8199579-TA-T | 8331538-TA-T | 10×A | *** | |||||||
14479119-A-G | 12358388-A-G | *** | ||||||||
14479120-T-C | 12358389-T-C | *** | ||||||||
14479123-T-G | 12358392-T-G | *** | ||||||||
9577007-C-A | 9739398-C-A | IR3_Prx | *** | |||||||
13470715-G-A | 11315039-G-A | BY210315 | *** | |||||||
17321193-T-G | 15209313-T-G | *** | ||||||||
6206819-GTTC-G | 6338778-GTTC-G | IR3_Dst | *** | |||||||
9959982-T-C | 10122373-T-C | *** | ||||||||
13141839-T-G | 10631325-T-G | *** | ||||||||
25093117-G-T | 22946970-G-T | g1 | *** | |||||||
56843773-G-A | *** | |||||||||
56843807-G-A | *** | |||||||||
56843821-G-C | *** | |||||||||
56843822-C-T | *** | |||||||||
56843830-T-C | *** | |||||||||
10971297-C-A | *** | |||||||||
22287083-C-A | 20125197-C-A | DYZ19 | *** | |||||||
2805529-CAAAAAAA-C | 2937488-CAAAAAAA-C | 22×A | *** | |||||||
10798245-C-G | FT431683 | *** | ||||||||
22483576-A-G | 20321690-A-G | Z34322 | DYZ19 | *** | ||||||
16357362-G-A | 14245482-G-A | *** | ||||||||
10969300-C-G | FT438572 | *** | ||||||||
10802292-G-T | *** | |||||||||
16309295-T-G | 14197415-T-G | *** | ||||||||
2755436-C-A | 2887395-C-A | *** | ||||||||
4254789-T-TA | 4386748-T-TA | *** | ||||||||
5853365-G-T | 5985324-G-T | *** | ||||||||
7000496-T-G | 7132455-T-G | *** | ||||||||
7131786-TG-T | 7263745-TG-T | *** | ||||||||
7188490-C-A | 7320449-C-A | *** | ||||||||
7255103-T-C | 7387062-T-C | *** | ||||||||
8636152-C-A | 8768111-C-A | FT192612 | *** | |||||||
9524354-CAAAA-C | 9686745-CAAAA-C | 13×A | *** | |||||||
10652207-C-A | *** | |||||||||
10671285-C-A | *** | |||||||||
10798231-C-CGGAAG | *** | |||||||||
10802260-G-T | *** | |||||||||
10914390-G-T | *** | |||||||||
11022893-A-ATTCTG | *** | |||||||||
13488761-C-G | 11333085-C-G | *** | ||||||||
14934305-TC-T,TT | 12822370-TC-T,TT | *** | ||||||||
15401991-C-A | 13290111-C-A | *** | ||||||||
15939111-C-A | 13827231-C-A | *** | ||||||||
17014458-C-A | 14902578-C-A | *** | ||||||||
17014510-G-A | 14902630-G-A | *** | ||||||||
18890608-GAGAA-G | 16778728-GAGAA-G | 4×AGAA | *** | |||||||
22010477-AAG-A,AG | 19848591-AAG-A,AG | *** | ||||||||
23817931-T-C | 21656045-T-C | *** | ||||||||
56836572-C-A | *** | |||||||||
56847467-G-T | *** | |||||||||
14844887-T-C | 12732953-T-C | *** | ||||||||
14845268-CT-C,CTT | 12733334-CT-C,CTT | 15×T | *** | |||||||
2855305-CT-C,CTT | 2987264-CT-C,CTT | 16×T | *** | |||||||
28812496-G-T | 26666349-G-T | *** | ||||||||
13242241-CT-C,CTT | 11086565-CT-C,CTT | 21×T | *** | |||||||
14693761-T-TAA | 12581827-T-TAA | 16×A | *** | |||||||
13427455-G-A | 11271779-G-A | *** | ||||||||
6464163-G-C | 6596122-G-C | *** | ||||||||
8786629-G-T | 8918588-G-T | *** | ||||||||
14457626-T-C | 12336899-T-C | *** | ||||||||
14844876-T-C | 12732942-T-C | *** | ||||||||
14844885-T-C | 12732951-T-C | *** | ||||||||
14844898-G-T | 12732964-G-T | *** | ||||||||
14964821-T-C | 12852896-T-C | *** | ||||||||
16502443-A-G | 14390563-A-G | *** | ||||||||
16627624-A-G | 14515744-A-G | *** | ||||||||
17567808-G-A | 15455928-G-A | *** | ||||||||
19138002-A-T | 17026122-A-T | *** | ||||||||
19261148-TT-T,TA | 17149268-TT-T,TA | *** | ||||||||
21054656-T-G | 18892770-T-G | *** | ||||||||
23522629-C-T | 21360743-C-T | *** | ||||||||
28797756-T-C,G | 26651609-T-C,G | *** |
In the table above, the meaning of the confidence field depends on whether the data comes from an FTDNA kit or an FGC kit. For FTDNA kits, + implies a "PASS" result with just one possible variant, * indicates a "PASS" but with multiple variants, ** indicates "REJECTED" with just a single variant, and *** indicates "REJECTED" with multiple possible variants. 'A*' are heterozygous variants not called by FTDNA, but still pulled from the VCF file. For FGC kits, + indicates over 99% likely genuine (95% for INDELs); * over 95% likely genuine (90% for INDELs); ** about 40% likely genuine; *** about 10% likely genuine. Manual entries read directly from a BAM file will be either + indicating positive, or * indicating that the data show a mixture of possible variants.
For the FTDNA kits, the BED data is encoded in the background color of the cells. Those cells with a white background have coverage, those with a grey background indicate no coverage in the BED file, and those with a pink background indicate the mutation is on the edge of a coverage region. These pink regions often indicate that the individual may be positive for a SNP even if there is no corresponding entry in the vcf file.
The combBED column indicates whether or not the mutation is a SNP and falls in the combBED region defined in Defining a New Rate Constant for Y-Chromosome SNPs based on Full Sequencing Data by Dmitry Adamov, Vladimir Guryanov, Sergey Karzhavin, Vladimir Tagankin, Vadim Urasin.
The McDonald BED column indicates whether or not the mutation is a SNP and falls in the BED region used by Dr. Iain McDonald in the age analysis he does for R-U106 men.