Boggs
FTDNA: 270909, BigY3: 270909, BigY2: 270909MDKA Birth:

Tree Position
Unique Mutations
The mutations unique to this man are summarized in the table below. Those with a '+' or '*' confidence level are considered by FamilyTreeDNA or FullGenomesCorp to be high quality SNPs/INDELs. For completeness, all other mutations of lesser confidence are included as well. These additional mutations may be useful for distinguishing between very closely related men.
Occasionally, some of the mutations listed here will be thought to be shared with other men in which case they might appear in upstream blocks on the tree. When this happens, the 'Blocks' field will indicate what block they appear in. Such a situation might arise with BigY men if the BED data suggests another man may be positive for a SNP, even though it doesn't appear in his VCF data. It might also happen if Chromo2 testing or Sanger sequencing of other men not on the tree show the SNP to be shared.
POS-REF-ALT (hg19) | POS-REF-ALT (hg38) | Blocks | Names | Region | McDonald BED | combBED | STR | FTDNA 270909 | BigY3 270909 | BigY2 270909 | Manual Edits |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
25998346-A-G | 23852199-A-G | P1_Y1 | *** | A* | A* | ||||||
20352673-C-CT | 18190787-C-CT | P5_Dst | 10×T | A* | |||||||
13451016-C-G | 11295340-C-G | A* | |||||||||
18448782-C-T | 16336902-C-T | P6_Dst | A* | ||||||||
18448783-C-T | 16336903-C-T | P6_Dst | A* | ||||||||
13671809-C-A | 11516133-C-A | BY51967 | + | + | + | ||||||
6293362-TG-T | 6425321-TG-T | IR3_Dst | ** | ||||||||
17737617-AC-A | 15625737-AC-A | ** | |||||||||
28720131-TC-T | 26573984-TC-T | ** | |||||||||
28736290-C-T | 26590143-C-T | PF3249 | ** | ** | |||||||
5448530-CTG-C | 5580489-CTG-C | ** | |||||||||
7150738-A-G | 7282697-A-G | PH461 | ** | ||||||||
21834117-AAT-A | 19672231-AAT-A | ** | |||||||||
13139301-A-T | 10628787-A-T | ** | |||||||||
13488763-C-A | 11333087-C-A | ** | |||||||||
11025406-T-A | ** | ||||||||||
14639163-C-A | 12527232-C-A | ** | |||||||||
7021809-C-A | 7153768-C-A | ** | |||||||||
11004768-A-C | ** | ||||||||||
11004773-G-C | ** | ||||||||||
9735655-G-T | 9898046-G-T | IR3_Prx | ** | ||||||||
10018332-C-G | 10180723-C-G | ** | |||||||||
8085376-C-A | 8217335-C-A | ** | |||||||||
16605112-C-A | 14493232-C-A | ** | |||||||||
10821930-T-C | ** | ||||||||||
13460992-T-C | 11305316-T-C | ** | |||||||||
14176239-C-A | 12055533-C-A | ** | |||||||||
10796684-T-C | ** | ||||||||||
30618-T-G | ** | ||||||||||
23039357-C-A | 20877471-C-A | ** | |||||||||
4804595-C-A | 4936554-C-A | ** | |||||||||
14537948-C-A | 12426149-C-A | ** | |||||||||
17159697-C-A | 15047817-C-A | ** | |||||||||
3602774-C-A | 3734733-C-A | ** | |||||||||
10654114-T-A | ** | ||||||||||
10654133-G-GCCCAT | ** | ||||||||||
19770832-C-A | 17658952-C-A | P5_Prx | ** | ||||||||
22345992-T-G | 20184106-T-G | DYZ19 | ** | ||||||||
28806410-G-A | 26660263-G-A | ** | |||||||||
28806425-C-A | 26660278-C-A | ** | |||||||||
28806435-AGTGGAGTGGC-A | 26660288-AGTGGAGTGGC-A | ** | |||||||||
10761225-G-T | ** | ||||||||||
18192534-C-A | 16080654-C-A | ** | |||||||||
28506572-C-A | 26360425-C-A | ** | |||||||||
31625-G-T | ** | ||||||||||
14077020-C-A | 11956314-C-A | ** | |||||||||
10821919-T-A | ** | ||||||||||
10955423-G-C | ** | ||||||||||
10835493-A-T | ** | ||||||||||
10835505-TC-T | ** | ||||||||||
10835567-CAGTCA-C | ** | ||||||||||
10835591-C-T | FT433371 | ** | |||||||||
18147541-A-T | 16035661-A-T | ** | |||||||||
11642974-G-T | ** | ||||||||||
11004803-G-C | ** | ||||||||||
22808933-C-A | 20647047-C-A | ** | |||||||||
10922145-T-C | ** | ||||||||||
8344302-G-T | 8476261-G-T | ** | |||||||||
20611311-G-T | 18449425-G-T | P5_Dst | ** | ||||||||
9967271-C-A | 10129662-C-A | ** | |||||||||
10744571-C-A | ** | ||||||||||
10913558-G-T | ** | ||||||||||
13601872-C-A | 11446196-C-A | BY542 | ** | ||||||||
28544407-C-A | 26398260-C-A | ** | |||||||||
16305904-G-A | 14194024-G-A | ** | |||||||||
10760350-T-TGCTCA | ** | ||||||||||
10987377-A-G | ** | ||||||||||
2855467-A-T | 2987426-A-T | 16×T | ** | ||||||||
14764879-C-A | 12652948-C-A | ** | |||||||||
7310413-G-T | 7442372-G-T | ** | |||||||||
19340446-C-A | 17228566-C-A | ** | |||||||||
3550573-TCA-T | 3682532-TCA-T | ** | |||||||||
9655076-G-T | 9817467-G-T | IR3_Prx | ** | ||||||||
14693904-C-A | 12581970-C-A | ** | |||||||||
8166707-C-A | 8298666-C-A | ** | |||||||||
10796670-T-A | ** | ||||||||||
16342329-A-T | 14230449-A-T | ** | |||||||||
10672673-G-T | ** | ||||||||||
15113645-C-A | 13001732-C-A | ** | |||||||||
10849034-G-T | ** | ||||||||||
11653911-C-A | ** | ||||||||||
10911675-G-C | ** | ||||||||||
16710333-C-A | 14598453-C-A | ** | |||||||||
56839106-T-A | ** | ||||||||||
4370927-C-A | 4502886-C-A | ** | |||||||||
16516204-GAA-G | 14404324-GAA-G | 12×A | ** | ||||||||
4064153-C-A | 4196112-C-A | ** | |||||||||
10653099-ATTCCATTCCG-A | ** | ||||||||||
14776956-C-T | 12665025-C-T | ** | |||||||||
13461015-G-C | 11305339-G-C | ** | |||||||||
16060440-C-A | 13948560-C-A | ** | |||||||||
10800962-A-C | ** | ||||||||||
10800964-C-G | ** | ||||||||||
10801006-A-T | ** | ||||||||||
10931668-TCATTC-T | ** | ||||||||||
7646601-C-A | 7778560-C-A | ** | |||||||||
16968148-C-A | 14856268-C-A | ** | |||||||||
5601639-C-A | 5733598-C-A | ** | |||||||||
16590873-CAAAAAA-C | 14478993-CAAAAAA-C | 17×A | ** | ||||||||
10808945-T-C | ** | ||||||||||
19079039-C-A | 16967159-C-A | ** | |||||||||
10922185-T-A | ** | ||||||||||
10828324-C-A | ** | ||||||||||
14693905-A-T | 12581971-A-T | ** | |||||||||
14693907-T-C | 12581973-T-C | ** | |||||||||
13257559-C-A | 11101883-C-A | ** | |||||||||
20989106-C-T | 18827220-C-T | P4_Dst | ** | ||||||||
10922172-CCACCT-C | ** | ||||||||||
11004801-G-T | ** | ||||||||||
23142154-C-T | 20980268-C-T | ** | |||||||||
4626961-C-A | 4758920-C-A | ** | |||||||||
4272530-C-A | 4404489-C-A | ** | |||||||||
10892567-C-CCCCTGCACTCGGGTT | ** | ||||||||||
28535622-C-A | 26389475-C-A | ** | |||||||||
22638281-T-C | 20476395-T-C | ** | |||||||||
10964643-T-A | ** | ||||||||||
18353720-T-C | 16241840-T-C | P6_Prx | ** | ||||||||
3986232-TA-T | 4118191-TA-T | 8×A | ** | ||||||||
3374260-A-C | 3506219-A-C | ** | |||||||||
10937122-A-C | ** | ||||||||||
7991072-C-A | 8123031-C-A | ** | |||||||||
13218011-C-A | 11062335-C-A | ** | |||||||||
13197785-C-A | 11042109-C-A | ** | |||||||||
7054-G-T | ** | ||||||||||
16616796-C-A | 14504916-C-A | ** | |||||||||
6089994-C-A | 6221953-C-A | ** | |||||||||
3923509-C-A | 4055468-C-A | ** | |||||||||
14835365-C-A | 12723432-C-A | ** | |||||||||
16060535-C-A | 13948655-C-A | ** | |||||||||
7058301-C-A | 7190260-C-A | ** | |||||||||
5426364-GC-G | 5558323-GC-G | ** | |||||||||
23052516-C-A | 20890630-C-A | ** | |||||||||
4630617-G-T | 4762576-G-T | ** | |||||||||
2678143-C-A | 2810102-C-A | ** | |||||||||
2697692-C-A | 2829651-C-A | ** | |||||||||
2772530-A-AG | 2904489-A-AG | ** | |||||||||
2788398-A-T | 2920357-A-T | ** | |||||||||
2812826-G-A | 2944785-G-A | ** | |||||||||
2975582-A-T | 3107541-A-T | ** | |||||||||
3023301-T-C | 3155260-T-C | ** | |||||||||
3023318-G-T | 3155277-G-T | ** | |||||||||
3091977-C-A | 3223936-C-A | ** | |||||||||
3105668-A-T | 3237627-A-T | ** | |||||||||
3151582-G-T | 3283541-G-T | ** | |||||||||
3229646-A-C | 3361605-A-C | ** | |||||||||
3229652-G-A | 3361611-G-A | ** | |||||||||
3350017-A-G | 3481976-A-G | ** | |||||||||
3395298-G-T | 3527257-G-T | ** | |||||||||
3452690-C-A | 3584649-C-A | ** | |||||||||
3492765-C-A | 3624724-C-A | ** | |||||||||
3544279-C-A | 3676238-C-A | ** | |||||||||
3661161-A-T | 3793120-A-T | ** | |||||||||
3712065-AT-A | 3844024-AT-A | ** | |||||||||
3758550-A-G | 3890509-A-G | ** | |||||||||
3791105-C-A | 3923064-C-A | ** | |||||||||
3990440-C-A | 4122399-C-A | ** | |||||||||
3994748-T-A | 4126707-T-A | ** | |||||||||
3995295-A-C | 4127254-A-C | ** | |||||||||
4061884-G-A | 4193843-G-A | ** | |||||||||
4123680-T-C | 4255639-T-C | ** | |||||||||
4134102-C-A | 4266061-C-A | ** | |||||||||
4209701-C-A | 4341660-C-A | ** | |||||||||
4215670-G-T | 4347629-G-T | ** | |||||||||
4244367-C-A | 4376326-C-A | ** | |||||||||
4293620-G-A | 4425579-G-A | ** | |||||||||
4363032-G-T | 4494991-G-T | ** | |||||||||
4383347-C-A | 4515306-C-A | ** | |||||||||
4383407-A-G | 4515366-A-G | ** | |||||||||
4437819-C-A | 4569778-C-A | ** | |||||||||
4445274-A-G | 4577233-A-G | ** | |||||||||
4470472-T-C | 4602431-T-C | ** | |||||||||
4570379-C-A | 4702338-C-A | ** | |||||||||
4584020-G-T | 4715979-G-T | ** | |||||||||
4674233-C-A | 4806192-C-A | ** | |||||||||
4696014-G-A | 4827973-G-A | ** | |||||||||
4813565-A-T | 4945524-A-T | ** | |||||||||
4888494-A-C | 5020453-A-C | ** | |||||||||
4925201-A-T | 5057160-A-T | ** | |||||||||
4953084-A-G | 5085043-A-G | ** | |||||||||
4953491-A-C | 5085450-A-C | ** | |||||||||
4973021-C-T | 5104980-C-T | ** | |||||||||
4975341-C-A | 5107300-C-A | ** | |||||||||
4996070-T-C | 5128029-T-C | ** | |||||||||
4997437-C-A | 5129396-C-A | ** | |||||||||
5160100-G-T | 5292059-G-T | ** | |||||||||
5171554-T-A | 5303513-T-A | ** | |||||||||
5194762-G-T | 5326721-G-T | ** | |||||||||
5205723-C-A | 5337682-C-A | ** | |||||||||
5316907-C-A | 5448866-C-A | ** | |||||||||
5372968-G-A | 5504927-G-A | ** | |||||||||
5400854-C-G | 5532813-C-G | ** | |||||||||
5409983-C-A | 5541942-C-A | ** | |||||||||
5443017-A-T | 5574976-A-T | ** | |||||||||
5603858-C-T | 5735817-C-T | FT228320 | ** | ||||||||
5620801-G-A | 5752760-G-A | ** | |||||||||
5710490-G-A | 5842449-G-A | ** | |||||||||
5756259-G-T | 5888218-G-T | ** | |||||||||
5806339-A-G | 5938298-A-G | ** | |||||||||
5865708-T-C | 5997667-T-C | ** | |||||||||
5866850-C-A | 5998809-C-A | ** | |||||||||
5891954-A-G | 6023913-A-G | ** | |||||||||
5895149-G-A | 6027108-G-A | FT208848 | ** | ||||||||
6017585-G-T | 6149544-G-T | ** | |||||||||
6037867-CT-C | 6169826-CT-C | ** | |||||||||
6039547-C-A | 6171506-C-A | ** | |||||||||
6374290-A-T | 6506249-A-T | ** | |||||||||
6444088-G-T | 6576047-G-T | ** | |||||||||
6508177-A-G | 6640136-A-G | ** | |||||||||
6510404-T-A | 6642363-T-A | ** | |||||||||
6682057-C-T | 6814016-C-T | ** | |||||||||
6688645-A-G | 6820604-A-G | ** | |||||||||
6690458-C-A | 6822417-C-A | ** | |||||||||
6714496-C-A | 6846455-C-A | ** | |||||||||
6752601-C-A | 6884560-C-A | ** | |||||||||
6918500-C-A | 7050459-C-A | ** | |||||||||
6923067-C-A | 7055026-C-A | ** | |||||||||
6926917-C-A | 7058876-C-A | ** | |||||||||
7015241-C-A | 7147200-C-A | FT178847 | ** | ||||||||
7028731-C-A | 7160690-C-A | ** | |||||||||
7098612-T-TC | 7230571-T-TC | ** | |||||||||
7115477-C-A | 7247436-C-A | ** | |||||||||
7135288-C-T | 7267247-C-T | ** | |||||||||
7188404-C-A | 7320363-C-A | ** | |||||||||
7264602-C-A | 7396561-C-A | ** | |||||||||
7264672-C-A | 7396631-C-A | ** | |||||||||
7288106-C-A | 7420065-C-A | ** | |||||||||
7310400-T-C | 7442359-T-C | ** | |||||||||
7310401-G-A | 7442360-G-A | ** | |||||||||
7314487-G-T | 7446446-G-T | ** | |||||||||
7342274-C-A | 7474233-C-A | ** | |||||||||
8078999-C-A | 8210958-C-A | ** | |||||||||
8379618-T-G | 8511577-T-G | ** | |||||||||
8712997-C-A | 8844956-C-A | ** | |||||||||
8814328-C-G | 8946287-C-G | ** | |||||||||
8912826-C-A | 9044785-C-A | ** | |||||||||
9121641-T-C | ** | ||||||||||
8986634-G-T | 9149025-G-T | ** | |||||||||
9047512-A-T | 9209903-A-T | ** | |||||||||
9521402-TC-T | 9683793-TC-T | ** | |||||||||
9735589-A-G | 9897980-A-G | IR3_Prx | ** | ||||||||
9938563-C-A | 10100954-C-A | ** | |||||||||
9942169-G-A | 10104560-G-A | ** | |||||||||
9965747-C-A | 10128138-C-A | ** | |||||||||
10024292-C-A | 10186683-C-A | ** | |||||||||
10028380-C-A | 10190771-C-A | ** | |||||||||
10050141-C-A | 10212532-C-A | ** | |||||||||
10653202-G-T | ** | ||||||||||
10668816-G-A | ** | ||||||||||
10752641-C-T | ** | ||||||||||
10761503-C-G | ** | ||||||||||
10762809-T-G | ** | ||||||||||
10769117-C-A | ** | ||||||||||
10776442-C-A | ** | ||||||||||
10783103-C-T | ** | ||||||||||
10784958-GTCCAC-G | ** | ||||||||||
10795723-C-A | ** | ||||||||||
10796828-GTCCTA-G | ** | ||||||||||
10796847-C-T | ** | ||||||||||
10796858-A-ATGGCT | ** | ||||||||||
10801017-T-A | ** | ||||||||||
10802176-C-T | ** | ||||||||||
10804637-C-A | ** | ||||||||||
10810651-T-G | ** | ||||||||||
10810652-G-A | ** | ||||||||||
10810667-A-T | ** | ||||||||||
10829005-C-A | ** | ||||||||||
10840246-C-A | ** | ||||||||||
10846827-C-A | ** | ||||||||||
10866431-C-A | ** | ||||||||||
10876756-C-A | ** | ||||||||||
10882073-TCCACC-T | ** | ||||||||||
10911563-C-A | ** | ||||||||||
10914509-G-C | ** | ||||||||||
10922128-C-T | ** | ||||||||||
10922132-C-G | ** | ||||||||||
10922146-TCCATGCC-T | ** | ||||||||||
10922156-C-CCT | ** | ||||||||||
10922165-T-C | FT436645 | ** | |||||||||
10927451-C-A | ** | ||||||||||
10936295-TA-T | ** | ||||||||||
10936306-C-T | ** | ||||||||||
10957969-C-A | ** | ||||||||||
10959641-C-A | ** | ||||||||||
10964606-C-T | ** | ||||||||||
10964654-T-C | ** | ||||||||||
10964657-A-C | ** | ||||||||||
10964663-T-A | ** | ||||||||||
10964672-A-C | ** | ||||||||||
10969347-T-A | ** | ||||||||||
10985462-T-C | ** | ||||||||||
10988739-C-A | ** | ||||||||||
11009631-C-A | ** | ||||||||||
11009826-G-T | ** | ||||||||||
13198834-AG-A | 11043158-AG-A | ** | |||||||||
13216591-C-A | 11060915-C-A | ** | |||||||||
13227948-G-A | 11072272-G-A | ** | |||||||||
13228187-T-C | 11072511-T-C | ** | |||||||||
13258605-C-A | 11102929-C-A | FT374018 | ** | ||||||||
13281945-G-T | 11126269-G-T | ** | |||||||||
13429783-C-A | 11274107-C-A | ** | |||||||||
13441539-A-T | 11285863-A-T | ** | |||||||||
13554816-C-A | 11399140-C-A | ** | |||||||||
13560617-C-T | 11404941-C-T | ** | |||||||||
13593416-C-T | 11437740-C-T | ** | |||||||||
13596179-G-A | 11440503-G-A | ** | |||||||||
13608853-C-A | 11453177-C-A | ** | |||||||||
13643842-ATTCATTT-A | 11488166-ATTCATTT-A | ** | |||||||||
11646717-G-T | ** | ||||||||||
11650189-G-T | ** | ||||||||||
11656985-A-T | ** | ||||||||||
11677331-C-A | ** | ||||||||||
11677592-G-A | ** | ||||||||||
13800683-A-G | 11679977-A-G | ** | |||||||||
13809821-T-C | 11689115-T-C | ** | |||||||||
13883130-T-A | 11762424-T-A | ** | |||||||||
13947002-G-A | 11826296-G-A | ** | |||||||||
14007552-C-T | 11886846-C-T | ** | |||||||||
14296847-C-A | 12176141-C-A | ** | |||||||||
14299909-C-A | 12179203-C-A | ** | |||||||||
14302863-G-T | 12182157-G-T | ** | |||||||||
14303015-G-A | 12182309-G-A | ** | |||||||||
14357782-C-A | 12237077-C-A | ** | |||||||||
14432001-C-A | 12311274-C-A | ** | |||||||||
12379464-C-A | ** | ||||||||||
14505922-C-A | 12394127-C-A | ** | |||||||||
14524062-G-C | 12412263-G-C | ** | |||||||||
14527079-G-A | 12415280-G-A | ** | |||||||||
14539240-A-G | 12427441-A-G | ** | |||||||||
14588914-C-T | 12477114-C-T | ** | |||||||||
14605795-G-A | 12493997-G-A | ** | |||||||||
14635721-G-C | 12523790-G-C | ** | |||||||||
14680296-G-A | 12568362-G-A | ** | |||||||||
14965110-C-A | 12853185-C-A | ** | |||||||||
15113666-CT-C | 13001753-CT-C | ** | |||||||||
15184058-C-T | 13072144-C-T | ** | |||||||||
15218978-T-A | 13107064-T-A | ** | |||||||||
15402712-T-A | 13290832-T-A | ** | |||||||||
15685548-T-C | 13573668-T-C | ** | |||||||||
15732193-A-G | 13620313-A-G | ** | |||||||||
15732772-C-A | 13620892-C-A | ** | |||||||||
15748508-G-T | 13636628-G-T | ** | |||||||||
15763961-C-A | 13652081-C-A | ** | |||||||||
15794667-T-C | 13682787-T-C | ** | |||||||||
15987520-C-A | 13875640-C-A | ** | |||||||||
16063044-C-A | 13951164-C-A | ** | |||||||||
16184356-G-C | 14072476-G-C | ** | |||||||||
16272388-G-T | 14160508-G-T | FT42230 | ** | ||||||||
16309041-C-T | 14197161-C-T | ** | |||||||||
16353519-C-A | 14241639-C-A | FT282341 | ** | ||||||||
16490663-A-G | 14378783-A-G | ** | |||||||||
16506949-C-A | 14395069-C-A | ** | |||||||||
16621445-G-T | 14509565-G-T | ** | |||||||||
16652070-T-G | 14540190-T-G | ** | |||||||||
16682696-G-A | 14570816-G-A | ** | |||||||||
16682836-A-G | 14570956-A-G | ** | |||||||||
16689819-G-T | 14577939-G-T | ** | |||||||||
16707553-T-C | 14595673-T-C | ** | |||||||||
17096707-G-T | 14984827-G-T | ** | |||||||||
17151495-C-A | 15039615-C-A | ** | |||||||||
17217301-T-A | 15105421-T-A | ** | |||||||||
17343572-C-T | 15231692-C-T | ** | |||||||||
17426778-A-G | 15314898-A-G | ** | |||||||||
17466708-C-A | 15354828-C-A | ** | |||||||||
17503699-G-A | 15391819-G-A | ** | |||||||||
17782604-C-A | 15670724-C-A | ** | |||||||||
17831159-C-A | 15719279-C-A | ** | |||||||||
17854457-C-A | 15742577-C-A | ** | |||||||||
17886027-C-A | 15774147-C-A | ** | |||||||||
18183223-C-A | 16071343-C-A | ** | |||||||||
18284519-T-A | 16172639-T-A | P6_Prx | ** | ||||||||
18381723-C-A | 16269843-C-A | P6_Gap | ** | ||||||||
18577284-C-A | 16465404-C-A | ** | |||||||||
18625302-T-A | 16513422-T-A | ** | |||||||||
18659870-A-T | 16547990-A-T | ** | |||||||||
18749933-G-T | 16638053-G-T | ** | |||||||||
18756316-T-C | 16644436-T-C | ** | |||||||||
18779317-A-G | 16667437-A-G | ** | |||||||||
18795060-C-A | 16683180-C-A | ** | |||||||||
18855492-C-A | 16743612-C-A | Y102878 | ** | ||||||||
18890908-T-C | 16779028-T-C | ** | |||||||||
18891181-C-A | 16779301-C-A | ** | |||||||||
18991128-A-G | 16879248-A-G | ** | |||||||||
19019838-A-T | 16907958-A-T | ** | |||||||||
19249966-T-G | 17138086-T-G | ** | |||||||||
19464196-A-C | 17352316-A-C | ** | |||||||||
19464200-G-T | 17352320-G-T | ** | |||||||||
19701522-A-C | 17589642-A-C | BY211911 | P5_Prx | ** | |||||||
20434634-C-A | 18272748-C-A | P5_Dst | ** | ||||||||
20603994-G-T | 18442108-G-T | P5_Dst | ** | ||||||||
20748673-G-T | 18586787-G-T | P4_Prx | ** | ||||||||
21267809-C-A | 19105923-C-A | ** | |||||||||
21351340-C-A | 19189454-C-A | ** | |||||||||
21381997-A-T | 19220111-A-T | ** | |||||||||
21427559-T-A | 19265673-T-A | ** | |||||||||
21771575-T-C | 19609689-T-C | ** | |||||||||
21949771-CA-C | 19787885-CA-C | ** | |||||||||
22085513-A-T | 19923627-A-T | ** | |||||||||
22135518-A-G | 19973632-A-G | ** | |||||||||
22204269-G-A | 20042383-G-A | ** | |||||||||
22268138-G-C | 20106252-G-C | DYZ19 | ** | ||||||||
22301676-C-G | 20139790-C-G | DYZ19 | ** | ||||||||
22301690-C-T | 20139804-C-T | DYZ19 | ** | ||||||||
22541217-T-G | 20379331-T-G | ** | |||||||||
22541218-TGA-T | 20379332-TGA-T | ** | |||||||||
22542278-A-G | 20380392-A-G | ** | |||||||||
22542294-C-CT | 20380408-C-CT | 8×T | ** | ||||||||
22545083-A-G | 20383197-A-G | ** | |||||||||
22690073-T-C | 20528187-T-C | ** | |||||||||
22756826-C-A | 20594940-C-A | ** | |||||||||
22783027-C-A | 20621141-C-A | ** | |||||||||
22851842-C-A | 20689956-C-A | ** | |||||||||
22982385-A-T | 20820499-A-T | ** | |||||||||
22987559-T-A | 20825673-T-A | ** | |||||||||
23005558-C-T | 20843672-C-T | ** | |||||||||
23048262-T-C | 20886376-T-C | ** | |||||||||
23091554-A-C | 20929668-A-C | ** | |||||||||
23193129-T-C | 21031243-T-C | ** | |||||||||
23333521-T-C | 21171635-T-C | ** | |||||||||
23372938-A-G | 21211052-A-G | ** | |||||||||
23398547-G-A | 21236661-G-A | ** | |||||||||
23512450-C-A | 21350564-C-A | ** | |||||||||
23818718-C-A | 21656832-C-A | ** | |||||||||
24445451-C-A | 22299304-C-A | ** | |||||||||
25246390-C-A | 23100243-C-A | P2_r1 | ** | ||||||||
26234896-GAAGAAGA-G | 24088749-GAAGAAGA-G | P1_Y1 | ** | ||||||||
27808854-T-TAG | 25662707-T-TAG | P1_Y2 | 10×A | ** | |||||||
27844570-C-T | 25698423-C-T | P1_Y2 | ** | ||||||||
28486207-T-C | 26340060-T-C | ** | |||||||||
28496278-C-A | 26350131-C-A | ** | |||||||||
28500062-TA-T | 26353915-TA-T | ** | |||||||||
28517364-T-C | 26371217-T-C | ** | |||||||||
28536643-T-C | 26390496-T-C | ** | |||||||||
28537068-T-C | 26390921-T-C | ** | |||||||||
28614283-C-A | 26468136-C-A | ** | |||||||||
28625837-A-G | 26479690-A-G | ** | |||||||||
28627205-C-A | 26481058-C-A | ** | |||||||||
28644507-C-A | 26498360-C-A | ** | |||||||||
28653022-C-A | 26506875-C-A | ** | |||||||||
28690609-A-G | 26544462-A-G | ** | |||||||||
28720115-C-T | 26573968-C-T | ** | |||||||||
28722713-C-A | 26576566-C-A | ** | |||||||||
28728440-T-C | 26582293-T-C | ** | |||||||||
28736319-G-T | 26590172-G-T | FT44633 | ** | ||||||||
28747698-AAGCTTC-A | 26601551-AAGCTTC-A | ** | |||||||||
56747999-ATCATC-A | ** | ||||||||||
56748016-T-G | ** | ||||||||||
56748033-T-A | ** | ||||||||||
56826333-C-A | ** | ||||||||||
56844396-G-T | ** | ||||||||||
31619-C-T | ** | ||||||||||
31638-G-T | ** | ||||||||||
12377215-A-AAT | ** | ||||||||||
14122925-C-G | 12002219-C-G | ** | |||||||||
3873264-A-T | 4005223-A-T | ** | |||||||||
5042180-GATATATATATATAT-G | 5174139-GATATATATATATAT-G | 17×AT | ** | ||||||||
5899646-A-G | 6031605-A-G | ** | |||||||||
13453378-C-A | 11297702-C-A | ** | |||||||||
16162095-CAAA-C | 14050215-CAAA-C | P8_Dst | 19×A | ** | |||||||
18297101-G-T | 16185221-G-T | P6_Prx | ** | ||||||||
18579740-A-G | 16467860-A-G | ** | |||||||||
19019725-T-C | 16907845-T-C | ** | |||||||||
19577629-G-T | 17465749-G-T | P5_Prx | 10×A | ** | |||||||
19685873-T-C | 17573993-T-C | P5_Prx | ** | ||||||||
20700681-A-AGCTC | 18538795-A-AGCTC | P4_Prx | ** | ||||||||
22449668-A-G | 20287782-A-G | DYZ19 | ** | ||||||||
26220827-T-G | 24074680-T-G | P1_Y1 | ** | ||||||||
18806044-C-T | 16694164-C-T | 19×T | *** | ||||||||
10015087-T-G | 10177478-T-G | *** | |||||||||
6402278-C-A | 6534237-C-A | *** | |||||||||
10015084-T-C | 10177475-T-C | *** | |||||||||
22450818-A-G | 20288932-A-G | DYZ19 | *** | ||||||||
23633371-CTTTT-C | 21471485-CTTTT-C | 21×T | *** | ||||||||
9772097-ATT-A | 9934488-ATT-A | 11×T | *** | ||||||||
3790878-GTA-G,GTATA | 3922837-GTA-G,GTATA | 21×TA | *** | ||||||||
8216406-CT-C,CTT | 8348365-CT-C,CTT | 16×T | *** | ||||||||
13474729-G-T | 11319053-G-T | *** | |||||||||
15982168-GAAA-G | 13870288-GAAA-G | 15×A | *** | ||||||||
16545397-G-A | 14433517-G-A | *** | |||||||||
10887841-G-A,T | *** | ||||||||||
10887896-C-A,T | *** | ||||||||||
28720209-A-G | 26574062-A-G | *** | |||||||||
24359587-CAAA-C,CAA | 22213440-CAAA-C,CAA | 13×A | *** | ||||||||
3696950-G-T | 3828909-G-T | *** | |||||||||
7107699-CTTTA-C | 7239658-CTTTA-C | 4×TTTA | *** | ||||||||
7896854-C-A | 8028813-C-A | *** | |||||||||
8760517-CTTTTTTTT-C,CTTTT | 8892476-CTTTTTTTT-C,CTTTT | 20×T | *** | ||||||||
9498826-CAG-C | 9661217-CAG-C | *** | |||||||||
10025400-C-A | 10187791-C-A | *** | |||||||||
10033277-C-A | 10195668-C-A | *** | |||||||||
10677498-C-A | *** | ||||||||||
10677587-A-G | *** | ||||||||||
10748165-C-A | *** | ||||||||||
10764546-TTT-T,TTTGGAG | *** | ||||||||||
10926657-CCGTTG-C,CCGTTC | *** | ||||||||||
10987860-ATTCCACTCCACTCCATTCCATTCCA-A,ATTCCACTCCACTC | *** | ||||||||||
13611031-G-T | 11455355-G-T | *** | |||||||||
18539248-A-G | 16427368-A-G | *** | |||||||||
56734835-G-C | *** | ||||||||||
56884396-G-A | *** | ||||||||||
16050-CT-C | *** | ||||||||||
2775124-ATT-A,AT | 2907083-ATT-A,AT | 14×T | *** | ||||||||
3873249-A-G | 4005208-A-G | *** | |||||||||
3873259-C-G | 4005218-C-G | *** | |||||||||
4376142-CAAA-C,CAA | 4508101-CAAA-C,CAA | 26×A | *** | ||||||||
6597340-TAAAAAAAAA-T | 6729299-TAAAAAAAAA-T | 28×A | *** | ||||||||
14847021-AAAAG-A,AAAAAG | 12735087-AAAAG-A,AAAAAG | *** | |||||||||
27864383-C-CT | 25718236-C-CT | P1_Y2 | 22×T | *** |
In the table above, the meaning of the confidence field depends on whether the data comes from an FTDNA kit or an FGC kit. For FTDNA kits, + implies a "PASS" result with just one possible variant, * indicates a "PASS" but with multiple variants, ** indicates "REJECTED" with just a single variant, and *** indicates "REJECTED" with multiple possible variants. 'A*' are heterozygous variants not called by FTDNA, but still pulled from the VCF file. For FGC kits, + indicates over 99% likely genuine (95% for INDELs); * over 95% likely genuine (90% for INDELs); ** about 40% likely genuine; *** about 10% likely genuine. Manual entries read directly from a BAM file will be either + indicating positive, or * indicating that the data show a mixture of possible variants.
For the FTDNA kits, the BED data is encoded in the background color of the cells. Those cells with a white background have coverage, those with a grey background indicate no coverage in the BED file, and those with a pink background indicate the mutation is on the edge of a coverage region. These pink regions often indicate that the individual may be positive for a SNP even if there is no corresponding entry in the vcf file.
The combBED column indicates whether or not the mutation is a SNP and falls in the combBED region defined in Defining a New Rate Constant for Y-Chromosome SNPs based on Full Sequencing Data by Dmitry Adamov, Vladimir Guryanov, Sergey Karzhavin, Vladimir Tagankin, Vadim Urasin.
The McDonald BED column indicates whether or not the mutation is a SNP and falls in the BED region used by Dr. Iain McDonald in the age analysis he does for R-U106 men.
Mutation Notes:
Kit | POSITION-REF-ALT (hg19) | POSITION-REF-ALT (hg38) | Note |
---|---|---|---|
Manual | 14611351-AG-A | 12499557-AG-A | 69 reads cover the region, and all but one show the deletion. |
Manual | 7449269-T-C | 7581228-T-C | 1A 71C 1G 315T |
Manual | 6274770-G-A | 6406729-G-A | 6A |